JOURNAL CLUB FRIDAY(s) @ 12:30 RM 15‐710 (unless otherwise stated) MONTH DAY PRESENTER NAME HOSTING LAB SEPTEMBER

SEPTEMBER

30

An Alternative Splicing Switch Regulates  Embryonic Stem Cell Pluripotency and  Reprogramming Mathieu Gabut,1,2 Payman Samavarchi‐ Tehrani,3,5 Xinchen Wang,1,2 Valentina  Slobodeniuc,1,2 Dave O’Hanlon,1,2 Hoon‐Ki  Sung,4 Manuel Alvarez,2,6 Shaheynoor  Talukder,1,2 Qun Pan,1,2 Esteban O. Mazzoni,7  Stephane Nedelec,7 Hynek Wichterle,7 Knut Woltjen,4 Timothy R.  Hughes,1,2 Peter W. Zandstra,2,6 Andras Nagy,4,5  Jeffrey L. Wrana,3,5 and Benjamin J.  Blencowe1,2,5,* DOI 10.1016/j.cell.2011.08.023 Eden Fussner, PhD Candidate Bazett‐Jones Lab Meyn Lab

OCTOBER

OCTOBER

7 14

T Cells with Chimeric Antigen Receptors Have  Potent Antitumor Effects and Can Establish  Memory in Patients with Advanced Leukemia.  M. Kalos, B. L. Levine, D. L. Porter, S. Katz, S. A.  Grupp, A. Bagg, C. H. June.  Science Translational Medicine, 2011; 3 (95):  95ra73 & Chimeric Antigen Receptor–Modified T Cells in  Chronic Lymphoid Leukemia.  David L. Porter, Bruce L. Levine, Michael Kalos,  Adam Bagg, Carl H. June.  New England Journal of Medicine, 2011;  110810110014063 Julie Turnbull, PhD Candidate Minassian Lab   CANCELLED ‐ ASHG 

Meyn Lab

21 28

Extensive pancreas regeneration following acinar‐ specific disruption of xbp1 in mice. Gastroenterology. 2011 Oct;141(4):1463‐72. Epub  2011 Jun 24. Hess DA, Humphrey SE, Ishibashi J, Damsz B, Lee  AH, Glimcher LH, Konieczny SF. Marina Tourlakis, PhD Candidate Rommens Lab Meyn Lab CANCELLED Meyn Lab

NOVEMBER

NOVEMBER

4

Telomeres avoid end detection by severing the  checkpoint signal transduction pathway. Carneiro T, Khair L, Reis CC, Borges V, Moser BA,  Nakamura TM, Ferreira MG. Nature. 2010 Sep 9;467(7312):228‐32. Dianna Martin, Research Fellow  Tabori Lab

11

Pathogenic exon‐trapping by SVA retrotransposon  and rescue in Fukuyama muscular dystrophy. Taniguchi‐Ikeda M, Kobayashi K, Kanagawa M, Yu  CC, Mori K, Oda T, Kuga A, Kurahashi H, Akman  HO, DiMauro S, Kaji R, Yokota T, Takeda S, Toda T. Nature. 2011 Oct 5;478(7367):127‐31. doi:  10.1038/nature10456.  Kaalak Reddy, PhD Candidate (Pearson Lab) Malkin Lab

18

Histone lysine demethylase JARID1a activates  CLOCK‐BMAL1 and influences the circadian clock. DiTacchio L, Le HD, Vollmers C, Hatori M, Witcher  M, Secombe J, Panda S. Science. 2011 Sep 30;333(6051):1881‐5. Darci Butcher, PhD  Weksberg Lab Malkin Lab

25

 MicroRNA‐140 plays dual roles in both cartilage  development and homeostasis.   Genes Dev. 2010  Jun 1;24(11):1173‐85. Epub 2010 May 13. Miyaki S, Sato T, Inoue A, Otsuki S, Ito Y,  Yokoyama S, Kato Y, Takemoto F, Nakasa T,  Yamashita S, Takada S, Lotz MK, Ueno‐Kudo H,  Asahara H.  S. Amanda Ali HBSc   Alman Lab  Malkin Lab

Malkin Lab

DECEMBER

DECEMBER

2

"Coding‐Independent Regulation of the Tumor  Suppressor PTEN by  Competing Endogenous  mRNAs"  Tay Y, Kats L, Salmena L, Weiss D, Tan  SM, Ala U, Karreth F, Poliseno L, Provero P, Di  Cunto F, Lieberman J, Rigoutsos I, Pandolfi PP.  Further discussion also from "In Vivo  Identification of Tumor‐Suppressive PTEN ceRNAs  in an Oncogenic BRAF‐Induced Mouse Model of  Melanoma"  Karreth FA, Tay Y, Perna D, Ala U, Tan  SM, Rust AG, DeNicola G, Webster KA, Weiss D,  Perez‐Mancera PA, Krauthammer M, Halaban R,  Provero P, Adams DJ, Tuveson DA, Pandolfi PP.  Cell 147, 382–395, October 14, 2011. Atta Goudarzi  Andrulis Lab Malkin Lab

9 16 23 30

Carnitine palmitoyltransferase 1C promotes cell  survival and  tumor growth under conditions of  metabolic stress. Zaugg K, Yao Y, Reilly PT, Kannan K, Kiarash R,  Mason J, Huang P, Sawyer SK, Fuerth B, Faubert B,  Kalliomäki T, Elia A, Luo X, Nadeem V, Bungard D,  Yalavarthi S, Growney JD, Wakeham A, Moolani Y,  Silvester J, Ten AY, Bakker W, Tsuchihara K, Berger  SL, Hill RP, Jones RG, Tsao M, Robinson MO,  Thompson CB, Pan G, Mak TW. Genes Dev. 2011 May 15;25(10):1041‐51. Anne‐Marie Lamhonwah, PhD   Tein Lab/The Neurometabolic Research Lab Malkin Lab CANCELLED CANCELLED CANCELLED

JANUARY  JANUARY 

6

CANCELLED

13

Chromatin accessibility pre‐determines  glucocorticoid receptor binding patterns. John S, Sabo PJ, Thurman RE, Sung MH, Biddie SC,  Johnson TA, Hager GL, Stamatoyannopoulos JA. Nat Genet. 2011 Mar;43(3):264‐8. Epub 2011 Jan  23. Dave Anchel  Bazett‐Jones Lab Scherer Lab 

20

27

Genomic maps of long noncoding RNA occupancy  reveal principles of RNA‐chromatin interactions. Chu C, Qu K, Zhong FL, Artandi SE, Chang HY.  Mol Cell. 2011 Nov 18;44(4):667‐78. Epub 2011  Sep 29. Jeffery Man   Marsden Lab Scherer Lab  Visualization of Eukaryotic DNA Mismatch Repair  Reveals Distinct Recognition and Repair  Intermediates Hans Hombauer; Christopher S. Campbell;  Catherine E. Smith; Arshad Desai; Richard D.  Kolodner  Cell (November 2011), 147 (5), pg. 1040‐1053 Gagan Panigrahi ‐ Pearson   Pearson Lab Scherer Lab 

FEBRUARY 

FEBRUARY 

3

10

Critical Role of Amyloid‐like Oligomers of  Drosophila Orb2 in the Persistence of Memory Cell, In Press, Corrected Proof, Available online 26  January 2012 Amitabha Majumdar, Wanda Colón Cesario, Erica  White‐Grindley, Huoqing Jiang, Fengzhen Ren,  Mohammed “Repon” Khan, Liying Li, Edward Man‐ Lik Choi, Kasthuri Kannan, Fengli Guo, Jay Unruh,  Brian Slaughter, Kausik Si Nivetha Ramachandran, PhD Minassian Lab Scherer Lab  Intravascular danger signals guide neutrophils to  sites of sterile inflammation. McDonald B, Pittman K, Menezes GB, Hirota SA,  Slaba I, Waterhouse CC, Beck PL, Muruve DA,  Kubes P. Science. 2010 Oct 15;330(6002):362‐6. Daniela Cretu Diamandis Lab Scherer Lab 

Exome sequencing identifies truncating  mutations in PRRT2 that cause paroxysmal  kinesigenic dyskinesia.  Chen et al., Nat Genet. 2011 Nov 20;43(12):1252‐5. doi:  10.1038/ng.1008. PubMed PMID: 22101681.

Daisuke Sato, PhD Scherer Lab Tabori Lab

17 Genome Sequencing of Pediatric  Medulloblastoma Links Catastrophic DNA  Rearrangements with TP53 Mutations.

24

Rausch T, Jones DT, Zapatka M, Stütz AM, Zichner  T, Weischenfeldt J, Jäger N, Remke M, Shih D,  Northcott PA, Pfaff E, Tica J, Wang Q, Massimi L,  Witt H, Bender S, Pleier S, Cin H, Hawkins C, Beck  C, von Deimling A, Hans V, Brors B, Eils R,  Scheurlen W, Blake J, Benes V, Kulozik AE, Witt  O, Martin D, Zhang C, Porat R, Merino DM,  Wasserman J, Jabado N, Fontebasso A, Bullinger  L, Rücker FG, Döhner K, Döhner H, Koster J,  Molenaar JJ, Versteeg R, Kool M, Tabori U,  Malkin D, Korshunov A, Taylor MD, Lichter P,  Pfister SM, Korbel JO. Cell. 2012 Jan 20;148(1‐2):59‐71. Diana Merino Malkin Lab Tabori Lab

MARCH

MARCH

2 9

A change in nuclear pore complex composition  regulates cell differentiation. D'Angelo MA, Gomez‐Cavazos JS, Mei A, Lackner  DH, Hetzer MW. Dev Cell. 2012 Feb 14;22(2):446‐58. Epub 2012  Jan 19. PMID:22264802 Alessandra Ruggieri, PhD Minassian Lab CANCELLED ‐ GGB RETREAT

Tabori Lab Tabori Lab

16 23 30

Insights into hominid evolution from the gorilla  genome sequence. Nature. 2012 Mar 7;483(7388):169‐75. doi:  10.1038/nature10842. Scally A, et al. Andy Pang                                                                  Scherer Lab  CANCELLED ‐ Piali Sengupta, PhD talk CANCELLED ‐ Julie Turnbull's Defense

Tabori Lab Weksberg Lab Weksberg Lab

APRIL APRIL

6 13 20 27

GOOD FRIDAY ‐ CANCELLED CANCELLED  CANCELLED  Yian Chen  ‐ Weksberg Lab 

Pearson Lab  Pearson Lab  Pearson Lab 

MAY  MAY

4 11 18 25

Laura Park ‐ Arnold Lab  Kennedy Lab  Jessie Cameron ‐Robinson Holly Liu ‐ Rommens

Pearson Lab  Pearson Lab  Rommens Lab  Rommens Lab 

JUNE JUNE

1 8 15

Naila Mahmut ‐ Mital SIMINOVITCH Lab

Rommens Lab  Rommens Lab  Rommens Lab