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CURRICULUM VITAE 1. Dados Pessoais Nome: Sergio Verjovski-Almeida Nascimento: 23 de abril de 1950, nacionalidade: Brasileiro, naturalidade: Rio de Janeiro Cargo: Professor Titular Departamento de Bioquímica Fone: trabalho (011) 3091-2173 Instituto de Química Universidade de São Paulo Av. Prof. Lineu Prestes 748 Fax: (011) 3091-2186 05508-000 São Paulo, SP E-mail: [email protected] 2. Educação: . Médico pela Faculdade de Medicina da Universidade Federal do Rio de Janeiro - 1974. . Mestre em Biofísica, Instituto de Biofísica da Universidade Federal do Rio de Janeiro - 1976, Dr. Leopoldo de Meis. . Research Associate (Post Doctoral Fellow da Muscular Dystrophy Association of America), University of the Pacific, San Francisco, California - 1976-78, Dr. Giuseppe Inesi. . Doutor em Ciências, Instituto de Biofísica da Universidade Federal do Rio de Janeiro - 1979, Dr. Leopoldo de Meis. 3. Bolsas, Treinamento Profissional e Distinções: 1970 - Bolsista de Iniciação Científica do Conselho de Ensino para Graduados e Pesquisa da Universidade Federal do Rio de Janeiro, Dr. A. Paes de Carvalho 1971-1974 - Bolsista de Iniciação Científica do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). 1971-72, Dr. A. Paes de Carvalho; 1973-74, Dr. Leopoldo de Meis. 1975-1976 - Bolsista de Pós-Graduação (Mestrado) do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Dr. L. de Meis. 1976-1978 - Post-Doctoral Fellowship da Muscular Dystrophy Association of America, Dr. Giuseppe Inesi. 1977-1978 - Visiting Assistant Professor no Department of Physiology of the University of the Pacific, San Francisco, California, USA, Dr. G. Inesi. 1990-1991 - Visiting Associate Professor do Department of Human Genetics, Yale University School of Medicine, New Haven, Connecticut, USA, Dr. Carolyn W. Slayman. 2000 - Prêmio Mérito Científico e Tecnológico do Estado de São Paulo 1978-atual - Bolsa de Pesquisador do CNPq. Atualmente pesquisador nível I A 1986-atual - Academia Brasileira de Ciências - eleito Membro Titular em 2003 2006 - Recebeu a insígnia da Ordem Nacional do Mérito Científico da Presidência da República do Brasil, no grau de Comendador. 4. Sociedades das quais é membro: . Sociedade Brasileira de Bioquímica - membro regular. . Biophysical Society (USA) - Senior Member. . American Society for Biochemistry and Molecular Biology - Regular Member. 5. Atividades acadêmicas: Editoração – 2007- presente - Membro do Corpo Editorial dos Anais da Academia Brasileira de Ciências Ensino de graduação 1994-presente - Professor Titular no Departamento de Bioquímica do Instituto de Química da Universidade de São Paulo. Aprovado em Concurso Público de Títulos e Provas em dezembro de 1993. 1992-1993 - Professor Titular no Departamento de Bioquímica Médica do Instituto de Ciências Biomédicas da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Aprovado em Concurso Público de Títulos e Provas em agosto de 1992.

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1980-1992 - Professor Adjunto no Departamento de Bioquímica Médica do Instituto de Ciências Biomédicas da Universidade Federal do Rio de Janeiro. 1979-1980 - Professor Assistente no Departamento de Bioquímica Médica do Instituto de Ciências Biomédicas da Universidade Federal do Rio de Janeiro. 1977-1979 - Professor Assistente no Departamento de Fisiologia do Instituto Biomédico da Universidade Federal Fluminense, Niteroi, RJ. Aprovado em Concurso Público de Títulos e Provas em agosto de 1976. 1975-1976 - Auxiliar de Ensino no Departamento de Fisiologia da Universidade Federal Fluminense, Niteroi, RJ. 1975 - Professor Adjunto de Biofísica e Fisiologia da Faculdade de Filosofia Ciências e Letras, Universidade Santa Úrsula, Rio de Janeiro, RJ. 1974 - Professor convidado do curso de Biofísica da Contração Muscular, Departamento de Biofísica da Faculdade de Medicina, Universidade Federal de Pernambuco (UFPe). 1970-1974 - Monitoria da disciplina de Fisiologia do Curso Médico do Instituto de Ciências Biomédicas da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Colaboração nos cursos de Fisiologia Cardíaca e Bioeletrogênese no Departamento de Fisiologia do Instituto de Biofísica da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Ensino de Pós-Graduação 1979-1981 - Membro da coordenação de Execução das Atividades Didáticas - Científicas (CEDIC) da Pós-Graduação do Instituto de Biofísica da Universidade Federal do Rio de Janeiro, como responsável pela área de Biomembranas. 1983-1985 - Membro da Coordenação de Ensino para Graduados (CEGIB) do Instituto de Biofísica, como representante do Departamento de Bioquímica neste órgão coordenador da PósGraduação do Instituto de Biofísica. 1979-1990 - Professor Orientador do curso de Pós-Graduação do Instituto de Biofísica da UFRJ. 1988-1990 - Coordenador do curso de Pós - Graduação em Química Biológica do Departamento de Bioquímica Médica do Instituto de Ciências Biomédicas da UFRJ. 1988-1994 - Professor Orientador do curso de Pós-Graduação em Química-Biológica da UFRJ. 1994-1996 - Membro eleito da Comissão de Pós-graduação do Instituto de Química da USP 1994-presente - Professor Orientador do curso de Pós-Graduação do Instituto de Química da USP 2003-presente - Professor Orientador do curso de Pós-Graduação em Bioinformática do Instituto de Matemática e Estatística da USP Orientação de Alunos – Pós-Doutorandos já orientados – Dra. Marie Odile Parat Salvado – dezembro de 1997 a junho de 1998 – bolsa da Fapesp Dr. Paulo Cesar de Carvalho Alves – agosto de 1997 até julho de 1999 – bolsa da Fapesp Dr. Flavio Canavez – Bolsista Fapesp de setembro de 2000 a agosto de 2002 – Análise da expressão gênica diferencial em tumores de próstata humanos Dr. Eduardo Moraes Rego Reis – Bolsista Fapesp de outubro de 2001 a maio de 2005 - Análise da expressão gênica diferencial em tumores de pulmão e próstata humanos Dr. Tarik El-Jundi – bolsista da FAPESP de julho de 2004 a junho de 2006 – Análise da expressão gênica diferencial em tumores de próstata humanos Dr. Ricardo de Marco - Bolsista Fapesp de janeiro de 2003 a outubro 2007- Análise da expressão gênica diferencial em Schistosoma mansoni Dr. Helder T. I. Nakaya – Bolsista FAPESP de março de 2007 a março de 2008 – Biogênese dos RNAs não-codificadores intrônicos. Dr. Rodrigo Louro - Bolsista Fapesp de dezembro de 2006 a dezembro de 2008 – Caracterização funcional de RNAs intrônicos não-codificantes Dra. Anna Smirnova - Bolsista Fapesp de dezembro de 2006 a agosto de 2009 – Super-expressão de RNAs intrônicos não-codificantes e seu efeito sobre o fenótipo de células em cultura. Alunos de PG já orientados Mestres: Ana Maria Freire Tovar - Mestre - Tese aprovada em janeiro de 1982 no Instituto de Biofísica da UFRJ

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Eleonora Kurtenbach - Mestre - Tese aprovada em abril de 1985 no Instituto de Biofísica da UFRJ. Angela França de Amorim - Mestre - Tese aprovada em agosto de 1985 no Departamento de Bioquímica da UFMG Celia Regina da Silva Garcia - Mestre - Tese aprovada em fevereiro de 1987 no Instituto de Biofísica da UFRJ Sergio Teixeira Ferreira - Mestre - Tese aprovada em fevereiro de 1987 no Instituto de Biofísica da UFRJ Ricardo Luis de Mendonça - Mestre - Tese aprovada em março de 1989 no Departamento de Bioquímica do Instituto de Química da UFRJ. Gisele Vairão Filgueiras Lôbo - Mestre - Tese aprovada em abril de 1991 no Instituto de Ciências Biomédicas da UFRJ. Eveline Gomes Vasconcelos - Mestre - Tese co-orientada por mim e pelo Dr. Sergio Teixeira Ferreira, aprovada no Instituto de Ciências Biomédicas da UFRJ em setembro de 1993. Ivan Pereira Nascimento – Mestre – Tese aprovada em março de 1998 no Instituto de Química da Universidade de São Paulo Alessandra de la Roque Ferreira – Mestre – Tese aprovada em janeiro de 1999 no Instituto de Química da Universidade de São Paulo Vitor Renaux Hering – Mestre – tese aprovada em novembro de 1999 no Instituto de Química da Universidade de São Paulo Adriana Y. Matsukuma - Mestre – Sequenciamento do DNA da Xylella fastidiosa e análise da sequência e predição dos genes presentes nos cosmídeos sequenciados – Tese aprovada em fevereiro de 2001 no Instituto de Química da Universidade de São Paulo Doutores: Paulo Cesar Carvalho Alves - Doutor - Tese aprovada em abril de 1985 no Instituto de Biofísica da UFRJ Jerson Lima Silva - Doutor - Tese aprovada em março de 1987 no Instituto de Biofísica da UFRJ Eleonora Kurtenbach - Doutor - Tese aprovada em novembro de 1988 no Instituto de Biofísica da UFRJ Sergio Teixeira Ferreira - Doutor - Tese aprovada em dezembro de 1989 no Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho da UFRJ Celia Regina da Silva Garcia (de Oliveira) - Doutor - Tese aprovada em dezembro de 1990 no Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho da UFRJ Eveline Gomes Vasconcelos - Doutor - Tese aprovada em julho de 1997 no Instituto de Química da Universidade de São Paulo. Eduardo Moraes Rego Reis – Doutor – Tese aprovada em setembro de 2000 no Instituto de Química da Universidade de São Paulo Juliana Lopes Rangel Fietto - Doutor – Clonagem da ATP-difosfohidrolase de S. mansoni - Tese aprovada em março de 2001 no Instituto de Química da Universidade de São Paulo Ricardo de Marco - Doutor- Construção e caracterização de mini-bibliotecas de ESTs geradas com RTPCR de baixa estringência e clonagem de uma apirase de Schistosoma mansoni - Tese aprovada em dezembro de 2002 no Instituto de Química da Universidade de São Paulo Ana Claudia Oliveira Carreira – Doutora- Caracterização funcional de mutantes dos resíduos triptofanos e mutantes do sitio de fosforilação da Ca-ATPase expressos em levedura – Tese aprovada em julho de 2006 - Instituto de Química da Universidade de São Paulo Rodrigo Louro - Doutor – Identificação e caracterização de transcritos humanos: novas famílias de pequenas GTPases e novos longos RNAs intrônicos não-codificantes – Tese aprovada em outubro de 2006 - Instituto de Química da Universidade de São Paulo Helder T. I. Nakaya – Doutor – Identificação e Análise de Expressão de RNAs Intrônicos Nãocodificadores Humanos – Tese aprovada em Março de 2007 - Instituto de Química da Universidade de São Paulo Julio Cesar Levano Garcia – Doutor - Tese aprovada em fevereiro de 2008, Instituto de Química da Universidade de São Paulo Thiago M. Venâncio - Doutor - Tese aprovada em fevereiro de 2008, Instituto de Matemática e Estatística da Univ. São Paulo

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Angela Fachel – Doutor – tese aprovada em setembro de 2009, Instituto de Química da Universidade de São Paulo Katia C.P. Oliveira – Doutor - tese aprovada em novembro de 2009, Instituto de Química da Universidade de São Paulo

Orientação atual de alunos de PG: Giuliana Tessarin e Almeida - Doutoranda do Instituto de Química da Universidade de São Paulo Yuri José de C. B. Moreira - Doutorando do Instituto de Química da Universidade de São Paulo Felipe Cesar F. Beckedorff – Doutorando do Instituto de Química da Universidade de São Paulo Carlos de Ocesano Pereira - Doutorando do Instituto de Química da Universidade de São Paulo Vinicius H. R. Maracajá Coutinho – Doutorando do Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo Murilo Sena Amaral - Doutorando do Instituto de Química da Universidade de São Paulo Leticia Anderson - Doutoranda do Instituto de Química da Universidade de São Paulo Luciana Coutinho - Doutoranda do Instituto de Química da Universidade de São Paulo Dinar S. Yunusov - Doutorando do Instituto de Química da Universidade de São Paulo Orientação atual de Pós-Doutorandos – Angela Fachel – desde outubro de 2009 Kleber Parreira – desde novembro de 2009 Katia C.P. Oliveira – desde dezembro de 2009 Outras atividades acadêmicas Orientou cerca de 44 estagiários de Iniciação Científica. Atualmente orienta os seguintes alunos de Iniciação Científica: Camila Brito dos Santos Leite e Luiz Gustavo Dufner de Almeida 6. Projetos de pesquisa financiados em meu laboratório e consultorias fornecidas a agências de financiamento à pesquisa: Sumário dos projetos de pesquisa em andamento: 1) Expressão Gênica em Câncer – Em agosto de 2008, nosso grupo recebeu um financiamento da FAPESP para o período de 2008-2012. Trata-se do projeto temático denominado "Caracterização funcional de RNAs intrônicos nãocodificadores expressos no genoma humano". O projeto busca investigar a implicação funcional de ncRNAs intrônicos no câncer e na regulação gênica da célula normal, além de sua possível utilização como marcador de malignidade em diversos tipos de câncer. Os estudos realizados atualmente envolvem, entre outras técnicas, a super-expressão e o silenciamento de RNAs não codificadores em células de mamíferos, consolidando em nosso grupo o uso da plataforma de estudos de biologia celular envolvendo ncRNAs, recentemente implantada. O projeto está dividido em duas partes principais: (A) Caracterização funcional de RNAs não-codificadores expressos em tumores humanos e (B) Identificação de novos RNAs não-codificadores e validação de perfis de expressão gênica para estabelecimento de possíveis marcadores tumorais. Busca-se identificar genes candidatos a marcadores de diagnóstico precoce e de prognóstico em tumores e elucidar alguns dos mecanismos de ação de ncRNAs, contribuindo para a ampliação dos alvos potencias para intervenção terapêutica. Background: 2004-2008 - durante o projeto temático “Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA”, vários RNAs longos intrônicos nãocodificadores de proteínas (ncRNAs) foram identificados, cujos níveis de expressão estavam correlacionados ao grau de diferenciação de tumores de próstata (Reis et al., 2004). Esta descoberta tem um impacto sobre o diagnóstico molecular do câncer em geral, apontando para a necessidade da inclusão de sondas para transcritos não-codificadores no arsenal de ferramentas usadas para o

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diagnóstico molecular, até agora povoado por microarrays que contêm apenas transcritos exônicos, codificadores para proteínas. Além disso, foram realizados os seguintes projetos: - estudos dos perfis de expressão intrônica em tecido normal de fígado e rim e tumores de próstata usando microarrays “customizados”, contendo cerca de 30 mil sondas para RNAs intrônicos nãocodificadores (ncRNAs). Observou-se que os mais abundantes desses transcritos são gerados em loci gênicos envolvidos com a regulação da transcrição, em todos os três tecidos (Nakaya et al., 2007); - demonstração de que a expressão de uma série de ncRNAs intrônicos em uma linhagem de câncer de próstata pode ser modulada por andrógeno, e de que o andrógeno modula ao mesmo tempo o nível de certos ncRNAs e a utilização alternativa de exons do gene codificador de proteína do mesmo locus gênico (Louro et al., 2007); - a análise comparativa entre ncRNAs intrônicos de humanos e camundongos, o que revelou uma conservação do perfil de expressão tecido-específica destes ncRNAs entre estas espécies, sugerindo um papel evolutivo destes transcritos conservados, possivelmente envolvido na regulação da expressão gênica fina em tecidos de mamíferos (Louro et al., 2008) 2) Expressão gênica em larga escala em S. mansoni – O objetivo de nosso trabalho é identificar os parceiros de vias a juzante dos genes de S. mansoni que são ortólogos de genes humanos que codificam receptores de hormônios, e que possam ser ativados pelos hormônios do hospedeiro humano, usando cDNA microarrays e oligoarrays. Construimos um microarray de cDNA de S. mansoni com 4 mil elementos em duplicata, e mais recentemente um oligoarray com 44 mil elementos, desenhado por nós e construido sob encomenda pela Agilent. Este último representa cerca de 90% de todos os genes do parasita. Temos utilizado estes arrays para estudar a expressão gênica e o efeito de hormônios sobre o desenvolvimento de cercárias até esquistossomulos, até vermes adultos. O projeto de desenho dos arrays foi financiado por um auxílio a pesquisa da FAPESP de 2004 a 2006. Fui o Coordenador Geral do projeto Genoma do Schistosoma, uma rede de laboratórios no Estado de São Paulo financiada pela FAPESP que reuniu o meu grupo e mais 8 grupos de pesquisa diferentes, localizados na USP, UNICAMP, Instituto Butantan, Instituto Adolfo Lutz e Instituto Ludwig. O projeto foi iniciado em Abril de 2001, e terminou em Agosto de 2003. O objetivo foi sequenciar 180.000 ESTs gerados pela técnica ORESTES, de RT-PCR de baixa estringência, usando mRNA de S. mansoni. Geramos sequências contendo mais de 60 milhões de bases de cDNA de S. mansoni, o que representa, em média, uma cobertura de cerca de 0,9 vezes o transcriptoma do parasita. Diferentes estágios do parasita foram estudados. Coletamos cerca de 30 mil ESTs de cada diferente estágio do ciclo de vida do parasita, incluindo cercária, miracídio, vermes adultos (macho/fêmea), ovos e esquistosômulo circulante de 7 dias. Identificamos cerca de 14 mil genes transcritos no parasita. A médio prazo, pretende-se explorar o conecimento destes genes para identificar possíveis alvos de vacinas ou drogas. 3) ATP-difosfohidrolase de Schistosoma mansoni - Outra proteína de membrana que estudamos é a ATP-difosfohidrolase (ou apirase) da face externa do tegumento de Schistosoma mansoni, uma nova enzima que identificamos em 1993 e que pertence a uma nova familia de ecto-ATPases que identificamos em 1996. Clonamos recentemente o gene completo da enzima de S. mansoni. O objetivo atual é identificar e caracterizar os domínios funcionais. No momento postulamos que a enzima pode participar dos mecanismos de escape do parasita, degradando ADP na sua superfície externa. Esta enzima pode ser um alvo para drogas ou vacina; a longo prazo o objetivo do trabalho é estabelecer o papel da enzima na interação parasita-hospedeiro e explorar a sua adequação como alvo para tratamento de pacientes infectados. Consultorias: Consultor ad hoc das seguintes agências de financiamento à pesquisa: Do Ministério da Educação:

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CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento do Pessoal de Ensino Superior, avaliação de cursos de PG, avaliação de concessão de bolsas no exterior em 1996. Do Ministério da Ciência e Tecnologia: FINEP- Financiadora de Estudos e Projetos, membro de diversas comissões científicas de visita para avaliação de projetos; PADCT-CNPq, membro do comitê de avaliação dos projetos em 1996; PRONEX, membro da equipe de consultores ad hoc responsáveis pela avaliação de acompanhamento dos Projetos PRONEX/1997. CNPq, consultor ad hoc para pedidos de auxílio a pesquisa. CNPq, membro do Comitê Assessor do CNPq (CA) na área de Biofísica-Bioquímica no período 1999 a 2001. Dos Governos Estaduais: FAPERJ - Fundação de Amparo a Pesquisa do Rio de Janeiro, consultor ad hoc para pedidos de auxílio a pesquisa e bolsas; FAPESP - Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de São Paulo, consultor ad hoc para pedidos de auxílio a pesquisa e bolsas. Consultor do Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, para sequenciamento automático de DNA, no período Novembro de 1998 - Janeiro de 1999. Consultor externo (membro do Steering Committee) da FAPERJ no Programa RioGen, para o sequenciamento completo da bactéria Glucanoacetobacter diazotrophicus – de Outubro de 2000 até abril de 2001. Consultor do Fonds de la Recherche en Santé du Quebec (FRSC), em Montreal, Canadá, como membro do Merit Review Panel do programa Genome Quebec, setembro de 2003. 7. Publicações : 01. S. Verjovski-Almeida, L. de Meis - The effect of pH on the calcium activated ATPase of skeletal muscle sarcoplasmic reticulum vesicles. An. Acad. Brasil. Cien. 47(2): 351-356, 1975. 02. S. Verjovski-Almeida, L. de Meis - pH induced changes in the reactions controlled by the low- and high-affinity Ca++ binding sites in sarcoplasmic reticulum. Biochemistry 16: 329-334, 1977. 03. M. Kurzmack, S. Verjovski-Almeida, G. Inesi - Detection of an initial burst of Ca++ translocation in sarcoplasmic reticulum. Biochem. Biophys. Res. Commun. 78(2): 772-776, 1977. 04. G. Inesi, M. Kurzmack, S. Verjovski-Almeida - ATPase phosphorylation and Ca++ translocation in the transient state of sarcoplasmic reticulum. Ann. N.Y. Acad. Sci. 307: 224-227, 1978. 05. E. Noack, M. Kurzmack, S. Verjovski-Almeida, G. Inesi - The effect of propranolol and its analogues on Ca++ transport in sarcoplasmic reticulum vesicles. J. Pharmacol. Exptl. Therap. 206: 281-288, 1978. 06. S. Verjovski-Almeida, M. Kurzmack, G. Inesi - Partial reactions in the catalytic and transport cycle of sarcoplasmic reticulum ATPase. Biochemistry 17: 5006-5013, 1978. 07. S. Verjovski-Almeida, G.Inesi - Fast kinetics of Ca++ uptake evidences an activating effect of ATP on the transport turnover of sarcoplasmic reticulum ATPase. J. Biol. Chem. 254: 18-21, 1979. 08. C. Coan, S. Verjovski-Almeida, G. Inesi - Ca++ regulation of conformational states in the transport cycle of spin-labeled sarcoplasmic reticulum ATPase. J. Biol. Chem. 254: 2968-2974, 1979. 09. G. Inesi, C. Coan, S. Verjovski-Almeida, M. Kurzmack, D. Lewis - Mechanism of free energy utilization for active transport of calcium ion - in "Frontiers of Biological Energetics" (Dutton, L., Lee, J. and Scarpa, A., Eds.), vol. II, pp. 1129-1136, 1978, Academic Press, N.Y.

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10. S. Verjovski-Almeida, G. Inesi - Fast kinetics of ATP hydrolysis and Ca++ transport in sarcoplasmic reticulum from dystrophic muscle. Biochim. Biophys. Acta 558: 119-125, 1979. 11. R.M. Chaloub, H. Guimaraes-Motta, S. Verjovski-Almeida, L. deMeis, G. Inesi - Sequential reactions in Pi utilization for ATP synthesis by sarcoplasmic reticulum. J. Biol. Chem. 254: 9464-9468, 1979. 12. S. Verjovski-Almeida - Heterogeneity of tryptophanyl residues in the sarcoplasmic reticulum ATPase probed by fluorescence energy transfer between the protein and fluorescent ionophore X537A. J. Biol. Chem. 256: 2662-2668, 1981. 13. Verjovski-Almeida, S., Silva, J.L. - Different degrees of cooperativity in the Ca++ induced changes in fluorescence intensity of solubilized sarcoplasmic reticulum ATPase. J. Biol. Chem. 256: 2940-2944, 1981. 14. Tovar, A.M., Verjovski-Almeida, S. - Lipid composition and catalytic properties of sarcoplasmic reticulum from normal and dystrophic chicken muscle. Mol. Cell. Biochem. 56: 39-48, 1983. 15. Silva, J.L., Verjovski-Almeida, S. - Self association and modification of calcium binding in solubilized sarcoplasmic reticulum ATPase. Biochemistry 22: 707-716, 1983. 16. Dupont, Y., Pougeois, R., Ronjat, M., Verjovski-Almeida,S. - Two distinct classes of nucleotide binding sites in sarcoplasmic reticulum Ca-ATPase revealed by trinitrophenyl-ATP. J. Biol. Chem. 260: 7241-7249, 1985. 17. Silva, J. and Verjovski-Almeida, S. - Monomer-dimer association constant of solubilized sarcoplasmic reticulum ATPase. J. Biol. Chem. 260: 4764-4769, 1985. 18. Carvalho-Alves, P.C., Oliveira, C.G. and Verjovski-Almeida, S. - Stoichiometric photolabeling of two distinct low and high-affinity nucleotide sites in sarcoplasmic reticulum ATPase. J. Biol. Chem. 260: 4282-4287, 1985. 19. Kurtenbach, E. and Verjovski-Almeida, S. - Labeling of a thiol residue in sarcoplasmic reticulum ATPase by pyrene-maleimide - solvent accessibility studied by fluorescence quenching. J. Biol. Chem. 260: 9636-9641, 1985. 20. Verjovski-Almeida, S., Carvalho-Alves, P. C., Oliveira, C. R., Ferreira, S. T. - Probing the nucleotide binding sites of sarcoplasmic reticulum ATPase by photoaffinity labeling. Biophys. J. 49: 108-109, 1986. 21. Verjovski-Almeida, S., Kurtenbach, E., Amorim, A. F. and Weber, G. - Pressure induced dissociation of solubilized sarcoplasmic reticulum ATPase. J. Biol. Chem. 261: 9872-9878, 1986. 22. Verjovski-Almeida, S. and Kurtenbach, E. (1988) Fluorescence spectroscopy in the study of sarcoplasmic reticulum calcium ATPase, in "Physical Properties of Biological Membranes and their Functional Implications" (Hidalgo, C., Ed.), Plenum Press, New York, pp. 177-209. 23. Oliveira, C.R.G., Coan, C. and Verjovski-Almeida, S. - Utilization of arylazido-ATP by sarcoplasmic reticulum ATPase in the absence of calcium. J. Biol. Chem. 263: 1861-1867, 1988. 24. Ferreira, S. T. and Verjovski-Almeida, S. - Stoichiometry and mapping of the nucleotide sites in sarcoplasmic reticulum ATPase with the use of UTP. J. Biol. Chem. 263: 9973-9980, 1988. 25. Oliveira, C. R., Coan, C., and Verjovski-Almeida, S. - Interaction of spin-labeled nucleotides with sarcoplasmic reticulum ATPase. Biochemistry 27: 5923-5927, 1988. 26. Kurtenbach, E., Moraes, S., Trocado, M., Lobo, G., Nascimento, P. and Verjovski-Almeida, S. Beneficial effects of anti-growth hormone antiserum in avian muscular dystrophy. FASEB J. 3: 2189-2193, 1989. 27. Ferreira, S. T. and Verjovski-Almeida, S. - Fluorescence decay of sarcoplasmic reticulum ATPase: ligand binding and hydration effects. J. Biol. Chem. 264: 15392-15397, 1989.

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28. Ferreira, S. T. and Verjovski-Almeida, S. - Global analysis of wavelength-resolved fluorescence decay in sarcoplasmic reticulum calcium-ATPase. J. Luminesc. 48: 430-434, 1991. 29. Garcia, C. R., Amaral Jr., J. A., Abrahamson, P. and Verjovski-Almeida, S. - Dissociation of Factin induced by hydrostatic pressure. Eur. J. Biochem. 209: 1005-1011, 1992. 30. Rao, R., Nakamoto, R. K., Verjovski-Almeida, S. and Slayman, C. W.- Structure and function of the yeast plasma-membrane H+-ATPase. Ann. N. Y. Acad. Sci. 671: 195-203, 1992. 31. Vasconcelos, E., Nascimento, P., Meirelles, M.N.L., Verjovski-Almeida, S. and Ferreira, S. T. Characterization and localization of an ATP-diphosphohydrolase on the external surface of the tegument of Schistosoma mansoni. Mol. Biochem. Parasitol. 58: 205-214, 1993. 32. Coan, C., Amaral Jr., J. A. and Verjovski-Almeida, S. - Elimination of the hydroxyl groups in the ribose ring of ATP reduces its ability to phosphorylate the sarcoplasmic reticulum Ca 2+-ATPase. J. Biol. Chem. 268: 6917-6924, 1993. 33. Ferreira, S.T., Vasconcelos, E. and Verjovski-Almeida, S. - The ecto-ATPases of endo-parasites and of blood cells and vessels. Ciência e Cultura 47 (3): 151-166, 1995. (Editor convidado do volume 47 no. 3, que foi publicado com várias revisões sobre ATPases). 34. Reis, E. M. R., Slayman, C. W., and Verjovski-Almeida, S. - Heterologous Expression of Sarcoplasmic Reticulum Ca2+-ATPase. Bioscience Reports 16: 107-113, 1996 35. Vasconcelos, E., Ferreira, S. T., Carvalho, T., deSouza, W., Kettlun, A.M., Mancilla, M., Valenzuela, M.A., and Verjovski-Almeida, S., Partial purification and immunohistochemical localization of ATP-diphosphohydrolase from Schistosoma mansoni - Immunological cross reactivities with potato apyrase and Toxoplasma gondii nucleoside triphosphate hydrolase. J. Biol. Chem. 271: 22139-22145, 1996 36. Verjovski-Almeida, S., Vasconcelos, E.G., Ferreira, S.T., Kettlun, A.M., Mancilla, M., and Valenzuela, M.A. - ATP diphosphohydrolase from Schistosoma mansoni belongs to a new family of apyrases, In "Ecto-ATPases", (L. Plesner, T.L. Kirley, and A.F. Knowles, eds.), Plenum Press, New York, 1997, p.153-159. 37. Vasconcelos, E.G., Torres, C.R., Martins, S.M., Verjovski-Almeida, S., and Ferreira, S.T. - The ATP diphosphohydrolase of Schistosoma mansoni: ecto-localization and possible roles in hostparasite interactions, In "Ecto-ATPases", (L. Plesner, T.L. Kirley, and A.F. Knowles, eds.), Plenum Press, New York, 1997, p. 221-226. 38. Nakamoto, R.K., Verjovski- Almeida, S., Allen, K.E., Ambesi, A., Rao, R., and Slayman, C.W. Substitutions of aspartate-378 in the phosphorylation domain of the yeast PMA1 H+-ATPase disrupt protein folding and biogenesis. J. Biol. Chem. 273: 7338-7344, 1998 39. Torres, C. R., Vasconcelos, E., Ferreira, S. T. and Verjovski-Almeida, S. - Divalent cation dependence and inhibition of Schistosoma mansoni ATP-diphosphohydrolase by Fluorosulfonyl benzoyl adenosine. Eur. J. Biochem. 251: 516-521, 1998 40. Reis, E.M.R., Kurtenbach, E., Ferreira, A.R., Biselli, P.J.C., Slayman, C. W., and VerjovskiAlmeida, S. - N-terminal chimeric constructs improve the expression of sarcoplasmic reticulum Ca2+-ATPase in yeast. Biochim. Biophys. Acta 1461(1): 83-95, 1999 41. Nascimento, I.P., Vasconcelos, E.G., Carvalho, T., deSouza, W., Alves, M.J.M. and VerjovskiAlmeida, S. – Characterization of an ATP-diphosphohydrolase of Trypanosoma cruzi, submitted 42. E. D. Neto, R. G. Correa, S. Verjovski-Almeida, M. Briones, M. A. Nagai, W.S. Junior, M. A. Zago, S. Bordin, F. F. Costa, G. H. Goldman, A. F. Carvalho, A. Matsukuma, G. S. Baia, D. H. Simpson, A. Brunstein, P.S.L. de Oliveira, P. Bucher, C. V. Jongeneel, M. J.O’Hare, F. Soares, R. R. Brentani, L. F. L. Reis, S. J. deSouza and A.J.G. Simpson. - Shotgun sequencing of the human transcriptome with open reading frame expressed sequence tags,

S. Verjovski-Almeida

9

Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97 (7): 3491-3496, 2000 43. P. C. Carvalho-Alves, V. R. Hering, J. M. S. Oliveira, R. K. Salinas, and S. Verjovski-Almeida Requirement of the hinge domain for dimerization of Ca2+-ATPase large cytoplasmic portion expressed in bacteria. Biochim. Biophys. Acta 1467 (1): 73-84, 2000 44. A.J.G. Simpson, F.C. Reinach, P. Arruda, F.A. Abreu, M. Acencio, R. Alvarenga, L.M.C. Alves, J.E. Araya, G.S. Baia, C.S. Baptista, M.H.Barros, E.D. Bonaccorsi, S. Bordin, J.M. Bové, M.R.S. Briones, M.R.P. Bueno, A.A. Camargo, L.E.A. Camargo, D.M. Carraro, H. Carrer, N.B. Colauto, C. Colombo, F.F. Costa, M.C.R. Costa, C.M. Costa-Neto, L.L. Coutinho, M. Cristofani, E. Dias-Neto, C. Docena, H. El-Dorry, A.P. Facincani, A.J.S. Ferreira, V.C.A. Ferreira, J.A. Ferro, J.S. Fraga, S.C. França, M.C. Franco, M. Frohme, L.R. Furlan, M. Garnier, G.H. Goldman, M.H.S. Goldman, S.L. Gomes, A. Gruber, P.L. Ho, J. D. Hoheisel, M.L. Junqueira, E.L. Kemper, J.P. Kitajima, J.E. Krieger, E.E. Kuramae, F. Laigret, M.R. Lambais, L.C.C. Leite, E.G.M. Lemos, M.V.F. Lemos, S.A. Lopes, C.R. Lopes, J.A. Machado , M.A. Machado, A.M.B.N. Madeira, H.M.F. Madeira, C.L. Marino, M.V. Marques, E.A.L. Martins, E.M.F. Martins, A.Y. Matsukuma, C.F.M. Menck, E.C. Miracca, C.Y. Miyaki, C.B. Monteiro-Vitorello, D.H. Moon, M.A. Nagai, A.L.T.O. Nascimento, L.E.S. Netto, A. Nhani Jr., F.G. Nobrega, L.R. Nunes, M.A. Oliveira, M.C. de Oliveira, R.C. de Oliveira, D.A. Palmieri, A. Paris, B.R. Peixoto, G.A.G. Pereira, H.A. Pereira Jr., J.B. Pesquero, R.B. Quaggio, P.G. Roberto, V. Rodrigues, A.J. de M. Rosa, V.E. de Rosa Jr., R.G. de Sá, R.V. Santelli, H.E. Sawasaki, A.C.R. da Silva, A.M. da Silva, F.R. da Silva, W.A. Silva Jr., J.F. da Silveira, M.L.Z. Silvestri, W.J. Siqueira, A.A. de Souza, A.P. de Souza, M.F. Terenzi, D. Truffi, S.M. Tsai, M.H. Tsuhako, H. Vallada, M.A. Van Sluys, S. VerjovskiAlmeida, A.L. Vettore, M.A. Zago, M. Zatz, J. Meidanis & J.C. Setubal - The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa.

Nature 406: 151-159, 2000 45. S.J.deSouza, A.A.Camargo, M.R.S.Briones, F.F.Costa, M.A. Nagai, S.Verjovski-Almeida, M.A.Zago, L.E.C.Andrade, H.Carrer, H.F.A.El-Dorry, E.M.Espreafico, A.Habr-Gama, D.G.Neto, G.H.Goldman, A.Gruber, C.Hackel, E.T.Kimura, R.M.B. Maciel, S.K.N.Marie, E.A.L.Martins, M.P.Nóbrega, M.L.PaçóLarson, M.I.M.C. Pardini, G.G.Pereira, J.B.Pesquero, V.Rodrigues, S.R.Rogatto, I.D.C.G.da Silva, M.C.Sogayar, M.F.Sonati, E.H.Tajara, S.R.Valentini, M.Acencio, F.L.Alberto, M.E.J.Amaral, I.Aneas, M.H.Bengtson, D.M.Carraro, A.F.Carvalho, L.H. Carvalho, M.C.R.Costa, C.M.Costa-Neto, C.Curcio, P.L.Ho, E.Kimura, L.C.C. Leite, G.Maia, P.Majumder, M.Marins, A.Matsukuma, A.S.A.Melo, C.A. Mestriner, E.C. Miracca, D.C. Miranda, A.L.T.O.Nascimento, F.G. Nóbrega, E.P.B. Ojopi, J.R.C. Pandolfi, P.Rahal, C.A. Rainho, N. da Ro's, R.G. deSá, M. M. Sales, W. da Silva Jr, N. P. da Silva, R.A. da Silveira, T.C. Silvia, J.F. Sousa, F. Tsukumo, V. Valente, H. Zalcberg, R.R. Brentani, L.F.L. Reis, E. Dias-Neto, A.J.G. Simpson – Identification of human chromosome 22 transcribed sequences with ORF expressed sequence tags.

Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97 (23): 12690-12693, 2000 46. Fietto, J.L.R., DeMarco, R., Verjovski-Almeida, S., Dias-Neto, E., Simpson, A.J.G. - Construction of ORESTES cDNA Libraries using Touch-down PCR. U.S. Letters Patent application No. 196,716 - Ludwig Institute for Cancer Research - Addendum to the Patent, filed on November 7, 2000. 47. Moreira-Filho, C.A. and Verjovski-Almeida, S. - GENOMA CLÍNICO: O impacto da genética genômica na prática médica. Biotecnologia Ciência & Desenvolvimento 16: 162-167, 2000 48. Frohme, M., Camargo, A.A., Czink, C., Matsukuma, A.Y., Simpson, A.J.G., Hoheisel, J.D. and Verjovski-Almeida, S. - Directed gap closure in large scale sequencing projects. Genome Res. 11: 901-903, 2001 49. Camargo, A.A., H.P.B. Samaia, E. Dias-Neto, D.F. Simão, I.A. Migotto, M.R.S. Briones, F.F. Costa, M. A. Nagai, S. Verjovski-Almeida, M. A. Zago, L.E.C. Andrade, H. Carrer, H.F.A. El-Dorry, E.M. Espreafico, A. Habr-Gama, D. Giannella-Neto, G.H. Goldman, A. Gruber, C. Hackel, E.T. Kimura, R.M.B. Maciel, S.K.N. Marie, E.A.L. Martins, M.P. Nóbrega, M.L. Paçó-Larson, M.I.M.C. Pardini, G.G. Pereira, J.B. Pesquero, V. Rodrigues, S.R. Rogatto, I.D.C.G. da Silva, M.C. Sogayar, M.F. Sonati, E.H. Tajara, S.R. Valentini, F.L. Alberto, M.E.J. Amaral, I. Aneas, L.A.T. Arnaldi, A.M. de Assis, M.H. Bengtson, N.A. Bergamo, V. Bombonato, M.E.R. deCamargo, R.A. Canevari, D.M. Carraro, J.M. Cerutti, M.L.C. Corrêa, R.F.R. Corrêa, M.C.R. Costa, C. Curcio, P.O.M. Hokama, A.J.S. Ferreira, G.K. Furuzawa, T. Gushiken, P.L. Ho, E. Kimura, J.E. Krieger, L.C. C.Leite, P. Majumder, M. Marins, E. R. Marques, A.S.A. Melo, M. Melo, C.A. Mestriner, E.C. Miracca, D.C. Miranda, A.L.T.O. Nascimento, F.G. Nóbrega, E.P.B. Ojopi, J.R.C. Pandolfi, L.G. Pessoa, A.C. Prevedel, P. Rahal, C.A. Rainho, E.M.R. Reis, M.L. Ribeiro, N. da Rós, R.G. de Sá, M.M. Sales, S.C. Sant’anna, M.L. dos Santos, A.M. da Silva, N.P. da Silva,W.A. Silva Jr, R.A. da Silveira, J.F. Sousa, D. Stecconi, F. Tsukumo, V. Valente, F. Soares, E.S. Moreira, D.N. Nunes, R.G. Correa, H. Zalcberg, A.F.

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10

Carvalho, L.F.L. Reis, R.R. Brentani, A.J. G. Simpson, and S.J. de Souza - The contribution of 700,000 “ORF sequence tags” to the definition of the human transcriptome.

Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98(21):12103-12108, 2001 50. J. Meidanis, M. D. V. Braga, and S. Verjovski-Almeida - Whole Genome Analysis of Transporters in the plant pathogen Xylella fastidiosa. Microbiology and Molecular Biology Reviews 66(2): 272-299, 2002 51. J.L.R. Fietto, R. DeMarco and S. Verjovski-Almeida - Use of degenerate primers and touchdown PCR for construction of cDNA Libraries. BioTechniques 32(6): 1404-1411, 2002 52. A.C.M. Paquola, A.A. Machado, E.M. Reis, A.M. da Silva, S. Verjovski-Almeida - Zerg: a very fast BLAST parser library. Bioinformatics 19 (8): 1035-1036, 2003 53. A.C.M. Paquola, M.Y. Nishyiama Jr., E.M. Reis, A.M. da Silva, S. Verjovski-Almeida -ESTWeb: Bioinformatics services for EST sequencing projects. Bioinformatics 19: 1587-1588, 2003 54. H. Brentani, O.L. Caballero, A.A. Camargo, A.M. daSilva, W.A. daSilva Jr., E. Dias-Neto, M. Grivet, A. Gruber, P.E.M. Guimaraes, W. Hide, C. Iseli, C.V. Jongeneel, J. Kelso, M.A. Nagai, E.P.B. Ojopi, E.C. Osorio, E.M.R. Reis, G.J. Riggins, A.J.G. Simpson, S. Souza, B.J. Stevenson, R.L. Strausberg, E.H. Tajara, S. Verjovski-Almeida, and The HCGP/CGAP Annotation Consortium and The HCGP Sequencing Consortium - The Generation and Utilization of a Cancer Oriented Representation of the Human Transcriptome, Using Expressed Sequence Tags. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100:13418-13423, 2003. 55. L. Madeira, R. DeMarco, M. L. Gazarini, S. Verjovski-Almeida, C.R.S. Garcia - Human Malaria Parasites Display a Receptor for Activated C Kinase (RACK) Ortholog. Biochem. Biophys. Res. Commun. 306: 995-1001, 2003 56. R. DeMarco, A. T. Kowaltowski, R, A. Mortara and S. Verjovski-Almeida - Molecular characterization and immuno-localization of Schistosoma mansoni ATP-diphosphohydrolase. Biochem. Biophys. Res. Commun. 307: 831-838, 2003 57. S. Verjovski-Almeida, R. DeMarco, E.A.L. Martins, P.E.M. Guimarães, E.P.B. Ojopi, A.C. M. Paquola, J.P. Piazza, M.Y. Nishiyama Jr., J.P. Kitajima, R.E. Adamson, P.D. Ashton, M.F. Bonaldo, P.S. Coulson, G.P. Dillon, L.P. Farias, S.P. Gregorio, P.L. Ho, R.A. Leite, L. C.C. Malaquias, R.C.P. Marques, P.A. Miyasato, A.L.T.O. Nascimento, F.P. Ohlweiler, E.M. Reis, M.A. Ribeiro, R.G. Sá, G.C. Stukart, M.B. Soares, C. Gargioni, T. Kawano, V. Rodrigues, A.M.B.N. Madeira, R.A. Wilson, C.F.M. Menck, J.C. Setubal, L.C.C. Leite, E. Dias-Neto - Transcriptome analysis of the acoelomate human parasite Schistosoma mansoni. Nature Genetics 35(2): 148-157, 2003 58. R. DeMarco, A.T. Kowaltowski, A.A. Machado, M.B. Soares, C. Gargioni, T. Kawano, V. Rodrigues, A.M.B.N. Madeira, R.A. Wilson, C.F.M. Menck, J.C. Setubal, E. Dias-Neto, L.C.C. Leite and S. Verjovski-Almeida - Saci-1, -2, -3 and Perere, four novel retrotransposons with high transcriptional activities from the human parasite Schistosoma mansoni. J. Virol. 78: 2967-2978, 2004 59. S. Verjovski-Almeida, L.C.C. Leite, E. Dias-Neto, C. Menck and R.A. Wilson - Schistosome transcriptome: insights and perspectives for functional genomics. Trends in Parasitology 20(7): 304-308, 2004 60. A.L.T.O. Nascimento, A.I. Ko, E.A.L. Martins, C.B. Monteiro-Vitorello, P.L. Ho, D.A. Haake, S. VerjovskiAlmeida, R.A. Hartskeerl, M.V. Marques, M.C. Oliveira, C.F.M. Menck, L.C.C. Leite, H. Carrer, L.L. Coutinho, W.M. Degrave, O.A. Dellagostin, H. El-Dorry, E.S. Ferro, M.I.T. Ferro, L.R. Furlan, M. Gamberini, E.A. Giglioti, A. Góes-Neto, G.H. Goldman, M.H.S. Goldman, R. Harakava, S.M.B. Jerônimo, I.L.M. Junqueira-de-Azevedo, E.T. Kimura , E.E. Kuramae, E.G.M. Lemos, M.V.F. Lemos, C.L. Marino, L.R. Nunes, R.C. de Oliveira, G.G. Pereira, M.S. Reis, A. Schriefer, W.J. Siqueira, P. Sommer, S.M. Tsai, A.J.G. Simpson, J.A. Ferro, L.E.A. Camargo, J.P. Kitajima, J.C. Setubal and M.A. Van Sluys - Comparative genomics of two Leptospira interrogans serovars reveals novel insights into physiology and pathogenesis.

J. Bacteriol. 186: 2164-2172, 2004 61. J.L.R. Fietto, R. DeMarco, I.P. Nascimento, I.M. Castro, T.M.U. Carvalho, W. de Souza, M.T. Bahia, M.J.M. Alves and S. Verjovski-Almeida - Characterization and immunolocalization of an NTP diphosphohydrolase of Trypanosoma cruzi.

S. Verjovski-Almeida

11

Biochem. Biophys. Res. Commun. 316: 454-460, 2004 62. R. Louro, H.I. Nakaya, A.C.M. Paquola, E.A.L. Martins, A.M. da Silva, S. Verjovski-Almeida and E.M. Reis - RASL11A, member of a novel small monomeric GTPase gene family, is down-regulated in prostate tumors. Biochem. Biophys. Res. Commun. 316: 618-627, 2004 63. A.L.T.O. Nascimento, S. Verjovski-Almeida, M.A. Van Sluys, C.B. Monteiro-Vitorello, L.E.A. Camargo, L.A. Digiampietri, R.A. Harstkeerl, P.L. Ho, M.V. Marques, M.C. Oliveira, J.C. Setubal, D.A. Haake and E.A.L. Martins - Genome features of Leptospira interrogans serovar Copenhageni. Braz. J. Med. Biol. Res. 37: 459-478, 2004 64. E.M. Reis, H.I. Nakaya, R. Louro, F.C. Canavez, Á.V.F. Flatschart, G.T. Almeida, C.M. Egidio, A.C. Paquola, A.A. Machado, F. Festa, D. Yamamoto, R. Alvarenga, C.C. da Silva, G.C. Brito, S.D. Simon, C.A. Moreira-Filho, K.R. Leite, L.H. Camara-Lopes, F.S. Campos, E. Gimba, G.M. Vignal, H. El-Dorry, M.C. Sogayar, M.A. Barcinski, A.M. da Silva and S. Verjovski-Almeida - Antisense intronic non-coding RNA levels correlate to the degree of tumor differentiation in prostate cancer. Oncogene 23: 6684-6692, 2004 65. T. Koide, P.A. Zaini, L.M. Moreira, R.Z.N. Vêncio, A.Y. Matsukuma, A.M. Durham, D.C. Teixeira, H.F. El-Dorry, P.B. Monteiro, A.C.R. da Silva, S. Verjovski-Almeida, A.M. da Silva and S.L. Gomes - DNA microarray-based genome comparison of a pathogenic and a non-pathogenic strain of Xylella fastidiosa delineates genes important for bacterial virulence. J. Bacteriol. 186: 5442-5449, 2004 66. Verjovski-Almeida, S., DeMarco, R. - Genoma contra a esquistossomose. Scientific American Brasil 28: 54-61, 2004 67. J. Levano-Garcia, S. Verjovski-Almeida and A.C.R. daSilva - Mapping transposon insertion sites by touchdown PCR and hybrid degenerate primer. Biotechniques 38: 225-229, 2005 68. R.R. Brentani, D.M. Carraro, S. Verjovski-Almeida, E.M. Reis, E.J. Neves, S.J. de Souza, A.F. Carvalho, H. Brentani and L.F.L. Reis - Gene expression arrays in Cancer Research: Methods and Applications. Crit. Rev. Oncol. Hematol. 54: 95-105, 2005 69. E.M. Reis, R. Louro, H.I. Nakaya and S. Verjovski-Almeida - As Antisense RNA Gets Intronic. OMICS A Journal of Integrative Biology 9: 2-12, 2005 70. E.M. Reis, E. Ojopi, F. Alberto, P. Rahal, F. Tsukumo, U. Mancini, G. Guimarães, G. Thompson, C. Camacho, E. Miracca, A. Carvalho, A. Machado, A. Paquola, J. Cerutti, A.M. da Silva, G. Pereira, S. Valentini, M. Nagai, L. Kowalski, S. Verjovski-Almeida, E. Tajara, E. Dias-Neto and the Head and Neck Annotation Consortium - Large-scale transcriptome analyses reveal new genetic marker candidates of head, neck and thyroid cancer. Cancer Research 65: 1693-1699, 2005 71. R. DeMarco, A. A. Machado, A. W. Bisson-Filho and S. Verjovski-Almeida - Identification of 18 new transcribed retrotransposons in Schistosoma mansoni. Biochem. Biophys. Res. Commun. 333: 230-240, 2005 72. S. Braschi, R. S. Curwen, P. D. Ashton, S. Verjovski-Almeida and R. A. Wilson - The tegument surface membranes of the human blood parasite Schistosoma mansoni: a proteomic analysis after differential extraction. Proteomics 6(5): 1471-1482, 2006. 73. S.Verjovski-Almeida and R.DeMarco - The Schistosome Transcriptome. In Parasitic Flatworms: Molecular Biology, Biochemistry, Immunology and Physiology (eds A.G. Maule and N.J. Marks). CAB International Press, pp.138-148, 2006. 74. F.M.B. Oliviera, I.C.A. Silva, F.D. Rumjanek, E. Dias-Neto, P.E.M. Guimaraes, S. VerjovskiAlmeida, M. Stros and M.R. Fantappie - Cloning the Genes and DNA Binding Properties of High Mobility Group (HMG) B1 Proteins from the Human Blood Flukes Schistosoma mansoni and Schistosoma japonicum. Gene 377: 33-45, 2006 75. Pontes, E.R., Matos, L.C., daSilva, E.A., Xavier, L.S., Diaz, B.L., Small, I.A., Reis, E.M., Verjovski-Almeida, S., Barcinski, M.A., Gimba, E.R.P. - Auto-antibodies in Prostate Cancer:

S. Verjovski-Almeida

12

Humoral immune response to antigenic determinants coded by the differentially expressed transcripts FLJ23438 and VAMP3. Prostate 66(14): 1463-1473, 2006 76. B.R. Peixoto, R.Z.N. Vêncio, C.M. Egidio, L. Mota-Vieira, S. Verjovski-Almeida and E.M. Reis Evaluation of reference-based two-color methods for measurement of gene expression ratios using spotted cDNA microarrays. BMC Genomics 7(1): 35, 2006. 77. Ribeiro-dos-Santos, G., Verjovski-Almeida, S., Leite, L.C. - Schistosomiasis – a century searching for chemotherapeutic drugs. Parasitol. Res. 99(5): 505-521, 2006 78. Osman, A., Niles, E.G., Verjovski-Almeida, S., LoVerde, P. - Schistosoma mansoni TGF-beta receptor II: role in host ligand-induce regulation of a schistosome target gene. PLoS Pathogens 2(6): e54, 2006 79. DeMarco, R., Oliveira, K.C., Venancio, T.M., Verjovski-Almeida, S. Gender biased differential alternative splicing patterns of the transcriptional cofactor CA150 gene in Schistosoma mansoni. Mol. Biochem. Parasitol. 150(2): 123-131, 2006 80. DeMarco R, Venancio TM, Verjovski-Almeida S. SmTRC1, a novel Schistosoma mansoni DNA transposon, discloses new families of animal and fungi transposons belonging to the CACTA superfamily. BMC Evol Biol. 6: 89, 2006 81. Setubal JC, Verjovski-Almeida S. Brazilian symposium on bioinformatics. Comput Biol Med. 37(2): 113-114, 2007 82. Levano-Garcia J, Mortara RA, Verjovski-Almeida S, DeMarco R. Characterization of Schistosoma mansoni ATPDase2 gene, a novel apyrase family member. Biochem Biophys Res Commun. 352(2): 384-389, 2007 83. Louro R, Nakaya HI, Amaral PP, Festa F, Sogayar MC, da Silva AM, Verjovski-Almeida S, Reis EM. Androgen responsive intronic non-coding RNAs. BMC Biol. 5: 4, 2007 84. deMarco, R. and Verjovski-Almeida, S. Schistosome DNA transposons. In Mobile genetic elements in metazoan parasites, P. Brindley, Ed., Eurekah Press/Landesbioscience, ISBN: 978-1-58706-0939, in press, 2008 85. H.I. Nakaya, E.M. Reis and S. Verjovski-Almeida. Concepts on microarray design for genome and transcriptome analyses. In Nucleic acid hybridization: modern applications, Buzdin, A.A. and Lukyanov, S.A., Eds., Springer Publishers, Dordrecht, Netherlands, 2007, p. 265-307. 86. H. I. Nakaya, P. P. Amaral, R. Louro, A. Lopes, A. A. Fachel, Y. B. Moreira, T. A. El-Jundi, A. M. da Silva, E. M. Reis and S. Verjovski-Almeida. Genome mapping and expression analyses of human intronic noncoding RNAs reveal tissue-specific patterns and enrichment in genes related to regulation of transcription. Genome Biology 8: R43, 2007. 87. Nene V, Wortman JR, Lawson D, Haas B, Kodira C, Tu ZJ, Loftus B, Xi Z, Megy K, Grabherr M, Ren Q, Zdobnov EM, Lobo NF, Campbell KS, Brown SE, Bonaldo MF, Zhu J, Sinkins SP, Hogenkamp DG, Amedo P, Arsenburger P, Atkinson PW, Bidwell S, Biedler J, Birney E, Bruggner RV, Costas J, Coy MR, Crabtree J, Crawford M, Debruyn B, Decaprio D, Eiglmeier K, Eisenstadt E, El-Dorry H, Gelbart WM, Gomes SL, Hammond M, Hannick LI, Hogan JR, Holmes MH, Jaffe D, Johnston SJ, Kennedy RC, Koo H, Kravitz S, Kriventseva EV, Kulp D, Labutti K, Lee E, Li S, Lovin DD, Mao C, Mauceli E, Menck CF, Miller JR, Montgomery P, Mori A, Nascimento AL, Naveira HF, Nusbaum C, O'leary SB, Orvis J, Pertea M, Quesneville H, Reidenbach KR, Rogers YH, Roth CW, Schneider JR, Schatz M, Shumway M, Stanke M, Stinson EO, Tubio JM, Vanzee JP, Verjovski-Almeida S, Werner D, White O, Wyder S, Zeng Q, Zhao Q, Zhao Y, Hill CA, Raikhel AS, Soares MB, Knudson DL, Lee NH, Galagan J, Salzberg SL, Paulsen IT, Dimopoulos G, Collins FH, Bruce B, Fraser-Liggett CM, Severson DW. Genome Sequence of Aedes aegypti, a Major Arbovirus Vector.

Science 316 (5832): 1718-1723, 2007. 88. Verjovski-Almeida S, Venancio TM, Oliveira KC, Almeida GT, Demarco R. Use of a 44k oligoarray to explore the transcriptome of Schistosoma mansoni adult worms. Exp Parasitol. 117(3): 236-245, 2007 Apr 21; [Epub ahead of print]

S. Verjovski-Almeida

13

89. Ojopi, E., Oliveira, P.S.L., Nunes, D.N., Paquola, A., DeMarco, R., Gregorio, S., Aires, K., Menck, C.F.M., Leite, L.C, Verjovski-Almeida, S., Dias Neto, E. A quantitative view of the transcriptome of Schistosoma mansoni adult-worms using SAGE. BMC Genomics 8: 186, 2007. 90. Carreira, A.C.O., Bastos, C., Verjovski-Almeida, S. Probing SERCA1a sarcoplasmic reticulum Ca2+-ATPase phosphorylation-site mutant D351E with inorganic phosphate. Braz. J. Med. Biol. Res. 40(10):1323-1332, 2007. 91. Fanganiello, R.D., Sertie, A.L., Reis, E.M., Yeh, E., Oliveira, N.A., Bueno, D.F., Kerkis, I, Alonso, N., Cavalheiro, S., Matsushita, H., Freitas, R., Verjovski-Almeida, S., Passos-Bueno, M.R. Apert p.Ser252Trp mutation in FGFR2 alters osteogenic potential and gene expression of cranial periosteal cells. Molec. Med. (Cambridge) 13(7-8): 422-442, 2007. 92. Nakaya, HI, Beckedorff, FC, Baldini, ML, Fachel, AA, Reis, EM and Verjovski-Almeida, S. – Splice Variants of TLE Family Genes and Up-Regulation of a TLE3 Isoform in Prostate Tumors. Biochem. Biophys. Res. Commun. 364(4):918-923, 2007. 93. Venancio, TM, DeMarco, R, Almeida, GT, Oliveira, KC, Setubal, JC and Verjovski-Almeida, S. – Analysis of Schistosoma mansoni genes shared with Deuterostomia and with possible roles in host interactions. BMC Genomics 8: 407, 2007. 94. Brito, GC, Fachel, AA, Vettore, AL, Vignal, GM, Gimba, ER, Campos, FS, Barcinski, MA, Verjovski-Almeida, S, Reis EM. – Identification of protein-coding and intronic noncoding RNAs down-regulated in clear cell renal carcinoma. Mol Carcinog. 47: 757-767, 2008 95. Louro, R., El-Jundi, T., Nakaya, H.I., Reis, E.M.,Verjovski-Almeida, S. – Conserved Tissue Expression Signatures of Intronic Noncoding RNAs Transcribed from Human and Mouse Loci. Genomics 92(1):18-25, 2008. 96. Verjovski-Almeida, S. and deMarco, R. – Current developments on Schistosoma proteomics. Acta Tropica 108: 183-185, 2008. 97. deMarco, R., Verjovski-Almeida, S. – Expressed Sequence Tags (ESTs) and Gene Discovery: Schistosoma mansoni. In: Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Gruber, A.; Durham, A.M.; Huynh, C.; del Portillo, H.A. (eds). Bethesda, MD. National Library of Medicine, pp. B06, 2008 98. Oliveira, G., Franco G., Verjovski-Almeida, S. – The Brazilian contribution to the study of the Schistosoma mansoni transcriptome. Acta Tropica 108: 179-182, 2008. 99. Cardoso, FC, Macedo, GC, Gava, E, Kitten, GT, Mati, VL, deMelo, AL, Caliari, MV, Almeida, GT, Venancio, TM, Verjovski-Almeida, S, Oliveira, SC. – Schistosoma mansoni tegument protein Sm29 is able to induce a Th1-type of immune response and protection against parasite infection. PLoS Neglected Tropical Diseases 2: e308, 2008. 100. Venancio, T.M.. Cristofoletti, P.T., Ferreira, C., Verjovski-Almeisda, S., Terra, W.R. – The Aedes aegypti larval transcriptome: a comparative perspective with emphasis on trypsins and the domain structure of peritrophins. Insect Mol. Biol. 18 (1): 33–44, 2009 101. Louro, R., Smirnova, A.S, Verjovski-Almeida, S. – Long intronic noncoding RNA transcription: Expression noise or expression choice? Genomics 93: 291-298, 2009 102. Colombo, J., Fachel, A.A., Calmon, M.F., Cury, P.M., Fukuyama, E.E., Tajara, E.H., Cordeiro, J.A., Verjovski-Almeida, S., Reis, E.M., Rahal, P. – Gene expression profiling reveals molecular marker candidates of laryngeal squamous cell carcinoma. Oncology Reports 21: 649-663, 2009 103. Santos, R.F., Pôssa, M.A.S., Bastos, M.S., Guedes, P.M.M., Almeida, M.R., DeMarco, R., Verjovski-Almeida, S., Bahia, M.T., Fietto, J.L.R. – Influence of Ecto-Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolase Activity on Trypanosoma cruzi Infectivity and Virulence. PLoS Negl. Trop. Dis. 3(3): e387, 2009

S. Verjovski-Almeida

14

104. deMarco, R. and Verjovski-Almeida, S. - Schistosomes - proteomics studies for potential novel vaccines and drug targets. Drug Discovery Today, 14: 472-478, 2009. 105. Arashiro, P. ; Eisenberg, I. ; Kho, A. T. ; Cerqueira, A. M. P. ; Canovas, M. ; Silva, H. C. A. ; Pavanello, R. C. M. ; Verjovski-Almeida, S. ; Kunkel, L. M. ; Zatz, M. . Transcriptional regulation differs in affected facioscapulohumeral muscular dystrophy patients compared to asymptomatic related carriers. Proc. Nat. Acad. Sci. USA 106: 6220-6225, 2009 106. Soares, J. C.; D. Menezes; M. A. Vannier-Santos; A. Ferreira-Pereira; G. T. Almeida; T. M. Venancio; S. Verjovski-Almeida; V. K. Zishiri; D. Kuter; R. Hunter; T. J. Egan; M. F. Oliveira. Interference with hemozoin formation represents an important mechanism of schistosomicidal action of antimalarial quinoline methanols. PLoS Neglected Tropical Diseases 3: e477, 2009 107. Secco, M., Moreira, Y.B., Zucconi, E., Vieira, N.M., Jazedje, T., Muotri, A.R., Okamoto, O.K., Verjovski-Almeida, S., Zatz, M. Gene Expression Profile of Mesenchymal Stem Cells from Paired Umbilical Cord Units: Cord is Different from Blood. Stem Cell Reviews and Reports 5: 387-401, 2009 108. Oliveira, K.C., Carvalho, M.L.P., Venancio, T.M., Miyasato, P.A., Kawano, T., DeMarco, R., Verjovski-Almeida, S. Identification of the Schistosoma mansoni TNF-Alpha Receptor Gene and the Effect of Human TNF-Alpha on the Parasite Gene Expression Profile. PLoS Neglected Tropical Diseases 3: e556, 2009 109. Venancio TM, Wilson RA, Verjovski-Almeida S, DeMarco R. - Bursts of transposition from nonlong terminal repeat retrotransposon families of the RTE clade in Schistosoma mansoni. Int J Parasitol. 2010 May;40(6):743-9. 110. R. DeMarco, W. Mathieson , S. J. Manuel, G. P. Dillon, R. S. Curwen, P. D. Ashton, A. C. Ivens, M. Berriman, S. Verjovski-Almeida and R. A. Wilson - Protein variation in blood-dwelling schistosome worms generated by differential splicing of micro-exon gene transcripts. Genome Research, 2010, Jul 6. [Epub ahead of print] PMID: 20606017 111. Baratti MO, Moreira YB, Traina F, Costa FF, Verjovski-Almeida S, Olalla-Saad ST Identification of protein-coding and non-coding RNA expression profiles in CD34+ and in stromal cells in refractory anemia with ringed sideroblasts. BMC Medical Genomics 3: 30, 2010 9. ISI Impact Factor Número de papers = 140; Soma do número de citações (Julho, 2010) = 3.016; h-index = 28 10. Lista de patentes ou software registrados Fietto, J.L.R., DeMarco, R., Verjovski-Almeida, S., Dias-Neto, E., Simpson, A.J.G. - Construction of ORESTES cDNA Libraries using Touch-down PCR. U.S. Letters Patent application No. 196,716 - Ludwig Institute for Cancer Research - Addendum to the Patent, filed on November 7, 2000. daSilva, A.C.R., Verjovski-Almeida, S. - Metodo para identificar o local de inserção de um segmento de DNA cuja sequência é conhecida, inserido em trecho de local ignorado do DNAgenômico de um organismo - Patente depositada no INPI, FAPESP, fevereiro de 2003. deMarco, R., Verjovski-Almeida, S. - Metodo para detectar por sequenciamento a presença do RNA da apirase de Schistosoma mansoni, metodo para produção de fragmento vacinal de apirase em organismo recombinante - Patente depositada no INPI, FAPESP, fevereiro de 2003. Verjovski-Almeida et al. - Schistosoma mansoni Expressed Sequence Tags - Patente internacional, pedido de depósito provisório no USPTO, USA, em 13 de setembro de 2003. Verjovski-Almeida, S., E. M. Reis and A. M. da Silva - RASSF1 antisense intron and TLE3 exon as cancer markers, U.S. Letters Patent application No. LUD 5889 Prov- NDH (10401583) - Ludwig Institute for Cancer Research - filed on February 3, 2004. Verjovski-Almeida, S., E. M. Reis and A. M. da Silva - Método de identificação de genes que se encontram nos introns presentes em DNA de cromossomos humanos - Pedido de patente depositado no INPI, pela FAPESP, em 4 de junho de 2004.