Package ‘ade4’ December 13, 2016 Version 1.7-5 Date 2016-12-13 Title Analysis of Ecological Data : Exploratory and Euclidean Methods in Environmental Sciences Author Stéphane Dray , Anne-Béatrice Dufour , and Jean Thioulouse , with contributions from Thibaut Jombart, Sandrine Pavoine, Jean R. Lobry, Sébastien Ollier, and Aurélie Siberchicot. Based on earlier work by Daniel Chessel. Maintainer Aurélie Siberchicot Depends R (>= 2.10) Imports graphics, grDevices, methods, stats, utils Suggests ade4TkGUI, adegraphics, ape, CircStats, deldir, lattice, maptools, MASS, pixmap, sp, spdep, splancs, waveslim Description Multivariate data analysis and graphical display. License GPL (>= 2) URL http://pbil.univ-lyon1.fr/ADE-4, Mailing list: http://listes.univ-lyon1.fr/wws/info/adelist BugReports https://github.com/sdray/ade4/issues Encoding UTF-8 NeedsCompilation yes Repository CRAN Date/Publication 2016-12-13 15:33:16

R topics documented: ade4-package abouheif.eg . acacia . . . . add.scatter . . ade4toR . . .

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R topics documented:

2 aminoacyl . . . . . amova . . . . . . . apis108 . . . . . . apqe . . . . . . . . aravo . . . . . . . . ardeche . . . . . . area.plot . . . . . . arrival . . . . . . . as.taxo . . . . . . . atlas . . . . . . . . atya . . . . . . . . avijons . . . . . . . avimedi . . . . . . aviurba . . . . . . bacteria . . . . . . banque . . . . . . . baran95 . . . . . . bca . . . . . . . . . bca.coinertia . . . . bca.rlq . . . . . . . between . . . . . . bf88 . . . . . . . . bicenter.wt . . . . . bordeaux . . . . . bsetal97 . . . . . . buech . . . . . . . butterfly . . . . . . bwca.dpcoa . . . . cailliez . . . . . . . capitales . . . . . . carni19 . . . . . . carni70 . . . . . . carniherbi49 . . . . casitas . . . . . . . cca . . . . . . . . . chatcat . . . . . . . chats . . . . . . . . chazeb . . . . . . . chevaine . . . . . . chickenk . . . . . . clementines . . . . cnc2003 . . . . . . coinertia . . . . . . coleo . . . . . . . . combine.4thcorner corkdist . . . . . . corvus . . . . . . . costatis . . . . . .

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R topics documented: costatis.randtest . . . Deprecated functions deug . . . . . . . . . disc . . . . . . . . . discrimin . . . . . . discrimin.coa . . . . dist.binary . . . . . . dist.dudi . . . . . . . dist.genet . . . . . . dist.ktab . . . . . . . dist.neig . . . . . . . dist.prop . . . . . . . dist.quant . . . . . . divc . . . . . . . . . divcmax . . . . . . . dotchart.phylog . . . dotcircle . . . . . . . doubs . . . . . . . . dpcoa . . . . . . . . dudi . . . . . . . . . dudi.acm . . . . . . . dudi.coa . . . . . . . dudi.dec . . . . . . . dudi.fca . . . . . . . dudi.hillsmith . . . . dudi.mix . . . . . . . dudi.nsc . . . . . . . dudi.pca . . . . . . . dudi.pco . . . . . . . dunedata . . . . . . . ecg . . . . . . . . . . ecomor . . . . . . . EH . . . . . . . . . . elec88 . . . . . . . . escopage . . . . . . . euro123 . . . . . . . fission . . . . . . . . foucart . . . . . . . . fourthcorner . . . . . friday87 . . . . . . . fruits . . . . . . . . . fuzzygenet . . . . . . gearymoran . . . . . genet . . . . . . . . . ggtortoises . . . . . . granulo . . . . . . . gridrowcol . . . . . . hdpg . . . . . . . . .

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R topics documented:

4 housetasks . . . . humDNAm . . . ichtyo . . . . . . inertia.dudi . . . irishdata . . . . . is.euclid . . . . . julliot . . . . . . jv73 . . . . . . . kcponds . . . . . kdist . . . . . . . kdist2ktab . . . . kdisteuclid . . . . kplot . . . . . . . kplot.foucart . . . kplot.mcoa . . . kplot.mfa . . . . kplot.pta . . . . . kplot.sepan . . . kplot.statis . . . . krandtest . . . . . ktab . . . . . . . ktab.data.frame . ktab.list.df . . . . ktab.list.dudi . . . ktab.match2ktabs ktab.within . . . lascaux . . . . . lingoes . . . . . . lizards . . . . . . macaca . . . . . macon . . . . . . macroloire . . . . mafragh . . . . . mantel.randtest . mantel.rtest . . . maples . . . . . . mariages . . . . . mbpcaiv . . . . . mbpls . . . . . . mcoa . . . . . . . mdpcoa . . . . . meau . . . . . . . meaudret . . . . mfa . . . . . . . microsatt . . . . mjrochet . . . . . mld . . . . . . . mollusc . . . . .

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R topics documented: monde84 . . . . . morphosport . . . . mstree . . . . . . . multiblock . . . . . multispati . . . . . multispati.randtest . multispati.rtest . . neig . . . . . . . . newick.eg . . . . . newick2phylog . . niche . . . . . . . . nipals . . . . . . . njplot . . . . . . . olympic . . . . . . optimEH . . . . . . oribatid . . . . . . originality . . . . . orisaved . . . . . . orthobasis . . . . . orthogram . . . . . ours . . . . . . . . palm . . . . . . . . pap . . . . . . . . . pcaiv . . . . . . . . pcaivortho . . . . . pcoscaled . . . . . pcw . . . . . . . . perthi02 . . . . . . phylog . . . . . . . PI2newick . . . . . piosphere . . . . . plot.phylog . . . . presid2002 . . . . . procella . . . . . . procuste . . . . . . procuste.randtest . procuste.rtest . . . pta . . . . . . . . . quasieuclid . . . . randboot . . . . . . randboot.multiblock randEH . . . . . . randtest . . . . . . randtest.amova . . randtest.between . randtest.coinertia . randtest.discrimin . randtest.dpcoa . . .

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R topics documented:

6 randtest.pcaiv . randxval . . . . rankrock . . . . reconst . . . . . rhizobium . . . rhone . . . . . rlq . . . . . . . rpjdl . . . . . . rtest . . . . . . rtest.between . rtest.discrimin . RV.rtest . . . . RVdist.randtest s.arrow . . . . . s.chull . . . . . s.class . . . . . s.corcircle . . . s.distri . . . . . s.hist . . . . . . s.image . . . . s.kde2d . . . . s.label . . . . . s.logo . . . . . s.match . . . . s.match.class . s.multinom . . s.traject . . . . s.value . . . . . santacatalina . . sarcelles . . . . scalewt . . . . scatter . . . . . scatter.acm . . scatter.coa . . . scatter.dudi . . scatter.fca . . . scatterutil . . . sco.boxplot . . sco.class . . . . sco.distri . . . . sco.gauss . . . sco.label . . . . sco.match . . . sco.quant . . . score . . . . . . score.acm . . . score.coa . . . score.mix . . .

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R topics documented: score.pca . . . . . seconde . . . . . . sepan . . . . . . . skulls . . . . . . . statico . . . . . . . statico.krandtest . . statis . . . . . . . . steppe . . . . . . . supcol . . . . . . . suprow . . . . . . . symbols.phylog . . syndicats . . . . . t3012 . . . . . . . table.cont . . . . . table.dist . . . . . . table.paint . . . . . table.phylog . . . . table.value . . . . . tarentaise . . . . . taxo.eg . . . . . . . testdim . . . . . . . testdim.multiblock tintoodiel . . . . . tithonia . . . . . . tortues . . . . . . . toxicity . . . . . . triangle.class . . . triangle.plot . . . . trichometeo . . . . ungulates . . . . . uniquewt.df . . . . variance.phylog . . vegtf . . . . . . . . veuvage . . . . . . wca . . . . . . . . wca.rlq . . . . . . westafrica . . . . . within . . . . . . . withincoinertia . . withinpca . . . . . witwit.coa . . . . . woangers . . . . . worksurv . . . . . yanomama . . . . . zealand . . . . . . Index

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abouheif.eg

ade4-package

The ade4 package

Description This package is developed in the Biometry and Evolutionary Biology Lab (UMR 5558) - University Lyon 1. It contains Data Analysis functions to analyse Ecological and Environmental data in the framework of Euclidean Exploratory methods, hence the name ade4. ade4 is characterized by (1) the implementation of graphical and statistical functions, (2) the availability of numerical data, (3) the redaction of technical and thematic documentation and (4) the inclusion of bibliographic references. To cite ade4, please use citation("ade4"). Author(s) Daniel Chessel, Anne-Béatrice Dufour, Stéphane Dray with the contributions from J.R. Lobry, S. Ollier, S. Pavoine and J. Thioulouse References See ade4 website: http://pbil.univ-lyon1.fr/ADE-4/ See Also ade4TkGUI, adegenet, adehabitat, adegraphics

abouheif.eg

Phylogenies and quantitative traits from Abouheif

Description This data set gathers three phylogenies with three sets of traits as reported by Abouheif (1999). Usage data(abouheif.eg)

acacia

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Format abouheif.eg is a list containing the 6 following objects : tre1 is a character string giving the first phylogenetic tree made up of 8 leaves. vec1 is a numeric vector with 8 values. tre2 is a character string giving the second phylogenetic tree made up of 7 leaves. vec2 is a numeric vector with 7 values. tre3 is a character string giving the third phylogenetic tree made up of 15 leaves. vec3 is a numeric vector with 15 values. Source Data taken from the phylogenetic independence program developped by Ehab Abouheif References Abouheif, E. (1999) A method for testing the assumption of phylogenetic independence in comparative data. Evolutionary Ecology Research, 1, 895–909. Examples data(abouheif.eg) par(mfrow=c(2,2)) symbols.phylog(newick2phylog(abouheif.eg$tre1), abouheif.eg$vec1, sub = "Body Mass (kg)", csi = 2, csub = 2) symbols.phylog(newick2phylog(abouheif.eg$tre2), abouheif.eg$vec2, sub = "Body Mass (kg)", csi = 2, csub = 2) dotchart.phylog(newick2phylog(abouheif.eg$tre1), abouheif.eg$vec1, sub = "Body Mass (kg)", cdot = 2, cnod = 1, possub = "topleft", csub = 2, ceti = 1.5) dotchart.phylog(newick2phylog(abouheif.eg$tre2), abouheif.eg$vec2, sub = "Body Mass (kg)", cdot = 2, cnod = 1, possub = "topleft", csub = 2, ceti = 1.5) par(mfrow = c(1,1)) w.phy=newick2phylog(abouheif.eg$tre3) dotchart.phylog(w.phy,abouheif.eg$vec3, clabel.n = 1)

acacia

Spatial pattern analysis in plant communities

Description Counts of individuals of Acacia ehrenbergiana from five parallel transects of 32 quadrats. Usage data(acacia)

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add.scatter

Format acacia is a data frame with 15 variables : se.T1, se.T2, se.T3, se.T4, se.T5 are five numeric vectors containing quadrats counts of seedlings from transects 1 to 5 respectively; sm.T1, sm.T2, sm.T3, sm.T4, sm.T5 are five numeric vectors containing quadrats counts of small trees (crown < 1 m2 in canopy) of transects 1 to 5 respectively; la.T1, la.T2, la.T3, la.T4, la.T5 are five numeric vectors containing quadrats counts of trees with large crown (crown > 1 m2 in canopy) of transects 1 to 5 respectively. Source Greig-Smith, P. and Chadwick, M.J. (1965) Data on pattern within plant communities. III. AcaciaCapparis semi-desert scrub in the Sudan. Journal of Ecology, 53, 465–474. References Hill, M.O. (1973) The intensity of spatial pattern in plant communities. Journal of Ecology, 61, 225–235. Examples data(acacia) if(adegraphicsLoaded()) { gg xy2", plot = FALSE) g4