G:BOX Biyo- Görüntüleme Sistemleri GeneSys Kontrol Yazılımı BAKIM VE KULLANIM KILAVUZU

    G:BOX  Biyo-­‐Görüntüleme  Sistemleri   GeneSys  Kontrol  Yazılımı     BAKIM  VE  KULLANIM  KILAVUZU                           Bu  yayının  h...
Author: Mehmet Abdil
19 downloads 0 Views 5MB Size
 

  G:BOX  Biyo-­‐Görüntüleme  Sistemleri   GeneSys  Kontrol  Yazılımı     BAKIM  VE  KULLANIM  KILAVUZU      

                    Bu  yayının  hazırlanmasında  tüm  olasılıklar  dikkate  alındığından,  Synoptics  Limited  bulunan  herhangi   bir  yanlışlıktan  dolayı  hiçbir  sorumluluk  kabul  etmez.       Synoptics  Limited  hem  bu  yayında  hem  de  ürünlerinde  haber  vermeden  değişiklik  yapma  hakkını  saklı   tuttuğunu  açıklar.       Bu  yayının  hiçbir  kısmı  çoğaltılamaz,  bir  sistemde  saklanamaz  veya  herhangi  bir  biçimde  veya   elektronik,  mekanik,  fotokopi,  kayıt  veya  başka  türlü  telif  hakkı  sahibinin  izni  olmadan  herhangi  bir   yolla  aktarılamaz.       ©  Synoptics  Limited  2011    

1  

   

 

İçindekiler   Bölüm  1  -­‐Giriş.................................................................................................................................    1   1.1  Yazılım  Genel............................................................................................................................    1   1.2.  Donanım  ekran  .......................................................................................................................    3   1.3.  Karanlık  oda  ve  kamera  durumu  ............................................................................................    3   Bölüm  2  -­‐  Yazılım  Yükleme  ...........................................................................................................    4   2.1  Çalışma  Koşulları  .....................................................................................................................    4   2.1.1  Minimum  sistem  gereksinimleri  ..............................................................................      4   2.2  Yazılım  Yükleme  .......................................................................................................................    4   2.2.1  Donanım  bilgilerin  yüklenmesi..................................................................................    4   2.2.2  Hedef  bölgenin  seçilmesi  ..........................................................................................    5   2.2.3  Başlat  Menüsü  Klasörünün  Seçilmesi  .......................................................................    6   2.2.4  Aygıt  Sürücü  Kurulum  Sihirbazı  ................................................................................    7   2.2.5  Koruma  Yöntemi  ......................................................................................................    8   2.2.6  Sizin  kurulumunuz.....................................................................................................    8   2.2.7  Güvenlik  kodu  ...........................................................................................................    9   2.2.8  Bir  donanım  anahtarını  kullanarak  GeneSys  yazılım  kurulumu  ................................  10   2.3.Kullanıcı  hesaplarını  güvenli  etkinleştirme  ..............................................................................   12   2.4  Donanımını  kurma  ...................................................................................................................    12   Bölüm  3  -­‐  Otomatik  Pozlama  ........................................................................................................  13   3.1  Örnekleme  seçimi  ....................................................................................................................  13   3.1.1  Görüntüleme  jel  için  örnek  seçimi  ayarlarının  örneği  ...............................................13   3.1.2  Bir  leke  görüntüleme  için  örnek  seçimi  ayarlarının  örneği  .......................................  14   3.2  Boya  Seçimi  ..............................................................................................................................  16   3.3  Protokol  Seçimi  .......................................................................................................................   17   3.4  Örnek  Konumlandırma  ............................................................................................................   19   3.5  Ekran  Yakalama  .......................................................................................................................   22   Bölüm  4.  Manuel  Yakalama  ..........................................................................................................   27   4.1  Manuel  serisi  ve  Multiplex  yakalama  ayarları  .........................................................................   31   4.1.1  Seri  yakalama  ayarları  ..............................................................................................  31   4.1.2  Multiplex  yakalama  ayarları  ....................................................................................   33   Bölüm  5-­‐Gözat  ,  Düzenleme  ve  Görüntüleme  Ekranları  ..............................................................  39   5.1  Düzenleme  Ekranı  ....................................................................................................................  39   5.2  Araçlar  bilgi  notu  ......................................................................................................................  40   5.3  Görüntü  Döndürme  ..................................................................................................................  43   5.4  Görüntü  kaynağı  .......................................................................................................................  43   5.5  Doygunluk  düğmesi  ..................................................................................................................  43   5.6  Geliştirme  araçları  ....................................................................................................................  44   5.7  3D  Görünüm  .............................................................................................................................  45   5.8  Resimleri  ekranda  görüntüleme  ...............................................................................................  49   5.9.Resimlere  ekranda  gözatma  .....................................................................................................    52    

 

2  

        Bölüm  6-­‐Yapılandırmaları  .............................................................................................................  53     6.1  Yapılandırmaları  kaydetme  ......................................................................................................  53     6.1.1  Otoyakalama  modunda  yapılandırmaları  kaydetme  ................................................  53   6.1.2  Manuel  modda  yapılandırmaları  kaydetme..............................................................  54     Bölüm  7-­‐Aktarma,  kaydetme  ve  yazdırma  görüntüleri  ................................................................  55     7.1  Görüntüleri  kaydetme  ..............................................................................................................  55     7.1.1  Kaydetme  Açıklamaları  ............................................................................................   56     7.2  Yazdırma  görüntüleri  ................................................................................................................  56   7.3  GeneTools  analiz  yazılımı  görüntülerini  aktarma......................................................................  57     Bölüm  8-­‐Teknik  Bilgiler  ..................................................................................................................  58     8.1  Teknik  Bilgiler  ...........................................................................................................................  58     8.2  Teknik  Yardım  ...........................................................................................................................  58     Sorun  giderme  ................................................................................................................................  59     Terimler  Sözlüğü…………………………………………………………………………………………………………………………  60     EK  A  ................................................................................................................................................  61     Ek  B  .................................................................................................................................................  63     Ek  C  .................................................................................................................................................  65     Ek  D  .................................................................................................................................................  67     Dizin…………………………………………………………………………………………………………………………………………..  69                                                  

3  

 

 

Bölüm  1-­‐Giriş   GeneSys  görüntü  yakalama  yazılımı  size  bir  uygulama  sürücüsü  ile  birlikte  verilir  ve  çeşitleri  bilimsel   uygulamaları  çalışırken  size  zaman  tasarrufu  sağlar.     GeneSys   yazılımının   Otomatik   ve   Manuel   yakalama   olmak   üzere   iki   tane   çalışma   modu   vardır.   Otomatik  çekim  modu,  uygulamanızın  tam  olarak  ne  olduğunu  ve  jel  veya  lekenin  nasıl  hazırlandığını   algılarDaha   sonra   sadece   bu   bilgileri   Genesys   içine   girin   (veya   kaydedilmiş   bir   konfigürasyondan   bu   bilgileri  hatırlar)  ve  sistem  geri  kalanı  devralsın.     GeneSys   yazılımı   örneğin   floresan,   kemilüminisans   ve   kemifloresan   gibi     çeşitli   uygulamaların   geniş   aralıkları  ile  ilgili  verileri  içeren  geniş  bir  veri  tabanına  sahiptir.     GeneSys  görüntü  yakalamak  için  sistem  hazır  ayarlama  ve  sisteminiz  için  uygun  donanım   konfigürasyonu  (kamera  kontrolü,  pozlama  süresini,  hassasiyet  ayarı,  aydınlatma  gereksinimlerini,   objektif  kontrol  ve  filtre  seçimi)  tespit  ettikten  sonra  örneklere  ne  olacağını  yazılım  bilir.     Manuel  çekim  modu  sistemin  her  fonksiyonunun  tam    kontrolünü  alabilme  olanağını  size  sunar.         1.1 Yazılım  Genel  Bakış       Ana  ekran  GeneSys  yazılımında  kullanılan  ana  pencerelerden  biridir.  Bu  ekrandan,  Otomatik  ya  da   Manuel  yakalama,  erişim  resimlere  göz  atma  ve  resimleri  görüntüleme  gibi  işlevlere  geniş  bir  aralıkta   ulaşabilirsiniz.  Ayrıca  kullanıcı  yapılandırmaları  ana  ekranda  bulunur  ve  ek  aksesuarların  olduğu   donanım  set-­‐up  ekranına  erişim  bulunur.(Şekil  1).    

 

  Şekil  1  -­‐  Ana  ekran    

 

4  

    Otomatik  Yakalama     Yazılım  geniş  bir  veri  tabanı  kullanarak  donanım  yapılandırmanız  için  en  uygun  görüntüleme   protokolü  yapılandırır.       Manuel  Yakalama   Sistemin  her  fonksiyonu  üzerinde  kontrol  altına  almak  için  size  imkan  sağlar.       Görüntülere  Göz  Atma   Kaydedilen  tüm  görüntüleri  taramak  ve  USB  cihazlardan  görüntü  yüklemek  ve  daha  önce  depolanmış   görüntüler  üzerinde  çalışmak  için  Görünüm  veya  Düzenleme  özelliği  ekranlarına  girmek  için  izin  verir.       Görüntüleri     Kaydedilen  veya  kaydedilmemiş  tüm  açılan  görüntülere  göz  atmanızı  sağlar.  Görüntüler  aynı  anda   doğrudan  Görüntü  Düzenle  ekranına  alınır  ya  da  dört  resim  aynı  ekranda  görüntüleri  kıyaslama   ekranında  kıyaslanabilir.     Kullanıcı  Yapılandırmaları     Kullanıcı  yapılandırmaları  sadece  bireysel  kullanıcılar  için  ayarlanmış  olabilir  (kilitli)  ya  da  tüm   kullanıcılar  için  açık  yapılabilir.         1.2  Donanım  ekranı      Bu  ekran  sahip  olunan  Transilluminator  yazılım  ve  herhangi  bir  aksesuar  hakkında  (örn.   dönüştürücü  ekranları)  bilgilendirmek  için  kullanılabilir.       1.3.  Karanlık  oda  ve  Kamera  durumu     Bu  simge  karanlık  odanın  ve  kameranın  durumunu  gösterir.  Karanlık  oda  veya  kamera  bağlantısı   kırmızı  bir  çarpı  işareti  görünecektir.  Sadece  yenileme  düğmesini  tıklatın  ve  bu  sistem  yeniden   gereklidir.  (Şekil  2)    

    Şekil  2  -­‐  Karanlık  Oda  ve  Kamera  durum  simgesi            

 

5  

    Karanlık  oda  ve  kamera  bağlandığında  yeşil  bir  doğrulama  işareti  simgesi  kameranın  yanında   belirecektir.  Karanlık  oda  ve  kamera  bağlı  değilse  kırmızı  çarpı  simgesi  belirecektir.  Karanlık  oda  kapısı   açık  olduğunda  simgesi  karanlık  oda  içini  göstermek  için  değişecektir.     Kamera  durum  ikonu  size  sadece  kamera  bağlanmasını  (Şekil  3d)    veya  bağlanmış  olduğunu  (Şekil  3b)   veya  bağlı  olmadığını  (Şekil  3c)  bildirmez,  aynı  zamanda  kameranın  doğru  sıcaklıkta  olup  olmadığını   gösterir.     Kamera  durum  simgesi  kırmızı  ise  (Şekil  3a)  kamera  çok  sıcaktır  ve  soğuması  gerekir.  Kamerayı   soğutmak  için  GeneSys  yazılımı  Kamera  fanı  çalışır  ve  kamera  simgesi  siyaha  dönene  kadar   beklemeniz  gerekir.     a)                                          b)                                                  c)                                                              d)  

 

  Şekil  3  -­‐  Kamera  Durum  simgeleri                                                    

 

6  

 

 

  Bölüm  2-­‐Yazılım  Yükleme       2.1  Çalışma  Gereksinimleri       2.1.1  Minimum  sistem  gereksinimleri     GeneSys  aşağıdaki  İşletim  Sistemleri  Windows  XP  Professional  SP3  (32  bit  sürümü  sadece)  veya   Windows  7  Professional  üzerinde  çalışabilir.     Lütfen  Windows  işletim  sistemlerinin  Home  sürümleri  desteklemediğini  unutmayın.       Syngene  sitesinde  FAQs    Jel  dökümantasyon  ve  son  güncellenen  minimum  sistem  gereksinimleri  için   analiz  bölümüne  bakınız.     2.2  Yazılım  Kurulumu     Bu  bölüm  GeneSys  görüntü  yakalama  yazılımının  kurulumu  ile  ilgili  bilgi  sağlar.       Yönetici  hakları  saklı  olan  bir  hesaptan  yazılımı  yüklemeniz  gerekecektir.     Montaj  aşağıdaki  sırayla  gerçekleştirilir.     1.Donanım  Bilgileri     2.Hedef  Bölgeyi  Seçme     3.Başlat  Menüsü  Klasör  Seçimi   4.  Aygıt  Sürücü  Yükleme  Sihirbazı     5.  Koruma  Yöntemi     6.  Senin  Kurulumun     7.  Güvenlik  kodu     2.2.1.  Donanım  Bilgi  Kurulumu     GeneSys  CD'yi  takın  ve  set-­‐up  programını  çalıştırın.    

 

7  

 

 ‘Next’  tıklayın     '  Next  '  düğmesine  tıkladıktan  sonra  listeden  donanımı  seçin.  

 

    Bu  örnekte  seçilen  donanım  G:BOX  şimdi  listeden  belirli  bir  model  girdikten  sonra  '  Next  '  tıklayın.  

 

 

8  

    2.2.2  Hedef  Bölge  Seçimi     Lütfen  Genesys  yazılımda  yüklü  olan  istediğiniz  klasörü  seçiniz.  Daha  fazla  klasör  seçenekleri   keşfetmek  için  Gözat'ı  seçin.  '  Next  '  tıklayın.  

  2.2.3  Başlat  Menüsü  Klasörü  Seçme     Lütfen  program  için  kısayollar  oluşturmak  istediğiniz  yeri  seçiniz.Farklı  bir  klasör  seçmek  için  Gözat   düğmesini  tıklatın.  '  Next  'yi  tıklayın.    

    Yazılım  şimdi  yüklemeye  hazırdır.  Kurulum  işlemine  devam  etmek  için  'Install'  tıklayın.      

 

9  

 

 

    2.2.4  Aygıt  Sürücüsü  Kurulum  Sihirbazı     Bu  sihirbaz,  şimdi  bazı  cihazlar  bilgisayar  kurulumunu  tamamlamak  için  gereken  yazılım  sürücüleri   kuracaktır.  '  Next  'yi  tıklayın.    

    Aygıt  Sürücü  Yükleme  Sihirbazı  tamamlamak  için  'Son'u  tıklayın.    

 

10  

 

    2.2.5  Koruma  Yöntemi     Şimdi  bir  yazılım  anahtarı  veya  bir  donanım  anahtarı  ile  birlikte  yazılım  lisansı  gereklidir.     Elinizdeki  yazılım  lisanslama  yöntemini  seçtiğiniz  zaman  '  Next  '  tıklayınız.    

 

                     

 

11  

      2.2.6  Yazılım  Tuşu  Kurulumu     CD    iç  kapağında  bulabileceğiniz  medya  tuşunu  ve  adınızı  ve  çalışmanızı  girin.  '  Next  '  tıklayın.    

    2.2.7  Güvenlik  Kodu     Lütfen  Syngene  Kurulum  masasına  bir  mesaj  gönderin.  Kaydedilmiş  bir  metin  dosyası  olarak   vurgulanan  metni  yollayın.  E-­‐posta    yükleme  yoluyla  [email protected]  adresinden  veya   telefonla:  +44  1223  727123    irtibata  geçebilirsiniz.    

 

  'Next'  tıklayın.  

 

12  

    Kurulumu  tamamlamak  için  güvenlik  kodunuzu  girerek  Syngene  yüklemelerine  ulaşabilirsiniz.      

  Yazılımın  kurulumunu  tamamlamak  için  'Next’  tıklayın.     2.2.8  .Donanım  Anahtarını  kullanarak  GeneSys  Yazılım  Kurulumu     Bölüm  2.2.5  Koruma  Yöntemi  bölümüne  kadar  yazılım  medya  tuşundan  yönergeleri  izleyin.     N.B.  YAZILIM  TARAFINDAN  SİZE  SÖYLENENE  KADAR  GİRİŞ  YAPMAYIN.   Listeden  Donanım  anahtarı  seçin  ardından  'Next'  tıklayın.    

    Eğer  USB  anahtarı  ve  Paralel  anahtar  arasını  kullanacaksanız  donanım  anahtarının  türünü  seçin.   'Next'yi  tıklayın.  

 

13  

 

 

      Şimdi  tüm  bağlı  anahtarları  kaldırın  ve  daha  sonra  'Next'  tıklayın.    

    Kurulum  sihirbazı  şimdi  bir  anahtar  yükleme  özetini  gösterecektir.  'Next'  seçin.  Donanım  güvenlik   anahtarını  takın  ve  aşağıda  gösterilen  iletişim  kutusundaki  yönergeleri  izleyin.    

 

14  

 

    Anahtar  fonksiyonların  düzgün  olduğunu  hızlı  bir  şekilde  kontrol  edebilmek  için  'Next'  tuşuna  basın.   Yükleme  tamamlandığında,  CD-­‐ROM'u  çıkarmayı  unutmayın.       Artık  yüklediğiniz  Syngene  yazılımını  kullanabilirsiniz.  Donanım  anahtarı  satın  aldığınız  tüm   seçenekleri  içerir  ve  bu  yazılımı  kullandığınızda  her  zaman  bağlı  olmalıdır.       N.B.  USB  tuşları  ile  Windows  XP  ve  Windows  7  sistemleri  için,  normal  (imtiyazsız)  kullanıcılar   tarafından  kullanılıyor  ise  anahtar  sırayla  olası  bir  bir  yönetici  oturumunu  açması  için  USB  portuna   bağlı  olmalıdır.  Bu  gelecek  oturumlarda  gerektiği  gibi  normal  kullanıcıların  çıkışların  arasında   anahtarın  hareketinin  sağlanmasına  izin  verir.   2.3  Güvenli  kullanıcı  hesaplarını  etkinleştirme     Güvenli  kullanıcı  hesabını  etkinleştirmek  için  Microsoft  Windows  hesabı  günlüğünü  kullanmak   gerekir.  Güvenli  kullanıcı  hesapları  size  yazılımın  tam  işlevselliğini  sağlar  ama  sadece  yapılandırma   ayarları  sizin  tarafınızdan  kurulanları  veya  kamusal  yapılmış  yapılandırmaları  gösterecektir.     2.4  Donanımını  Kurma     İlk  kez  GeneSys  yazılımı  kullandığınızda  ya  da  böyle  dönüştürücü  ekranlar  gibi  ek  aksesuarlar  satın   aldığınız  zaman  GeneSys  yazılımı  bu  bilgileri  anlatması  gerekir.    

   Ana  sayfasından  'Kullanılabilir  donanım  görüntüsü'  ikonuna  bu  bilgi  girmek  için  tıklayın.  Bu   bilgiler  öncelikle  uygun  düğmeler  seçilerek  girildikten  sonra  seçilen  öğeler  kırmızı  olacaktır.  Kaydet  'i   tıklattığınızdan  emin  olun.                

15  

     

 

  Şekil  4  -­‐  Donanım  sayfası       Bölüm  3-­‐  Otomatik  Yakalama     Otomatik  çekim  modu  temeli  yapılandırılmış  bir  iş  akışı  oluşturan  adımların  bir  serisidir.  İş  akışı  bir   sonraki  ekrana  taşımak  için  ekranın  sağ  alt  köşesinde  bulunan  yeşil  hareketli  oku  kullanarak  gezinmek   çok  kolay.  (Şekil  5)  Gri  durum  çubuğu  iş  akışı  oluşturan  aşamaları  gösterir,  simgeler  arasında  hareket   ettirerek  seçtiğiniz  simgenin  iş  akışını  görebilirsiniz.  (Şekil  6)    

                                                                                                                Şekil  5  -­‐  Navigasyon  oku                                                                      Şekil  6  -­‐  İş  Akışı  durum  çubuğu  ilk  adım  örnek  seçimi       İş  akışının  ilk  adımı  örnek  seçimidir.              

16  

 

    3.1  Örnek  Seçimi       Örnek  seçim  ekranı  örnek  format  seçimini  size  sunar.  Bu  seçenek  Jel,  leke  veya  diğer  seçenekler  ile   numune  tipine  değinmektedir.  N.B.  Eğer  'Diğer'  seçerseniz,  bu  sizi  doğruca  Manuel  yakalama   ekranına  götürecektir.       3.1.1  Bir  jel  görüntüleme  için  örnek  seçimi  ayarları       Örnek  biçimi  olarak  Jel  seçin.  İkinci  seçiminiz  ise  Örnek  Tipi-­‐bu,  jel  üzerine  yüklenmiş  olan  örnek  için   başvurudur.  Protein,  DNA  veya  RNA  seçebilirsiniz.  (Şekil  7)     Eğer  DNA  seçilirse  daha  sonra  üçüncü  seçim  Akrilamid  veya  Agaroz  seçenekleri  ile  Matrix  Tip   olacaktır.(Şekil  7).  

Şekil  7  -­‐  Örnek  formatında  Jel  ile  Numune  seçim  ekranı     Numune  türü  olarak  protein  seçilirse  daha  sonra  üçüncü  seçim  Floresan  boya  veya  Görünür  leke   seçenekleri  ile  Boya  Türüdür.  (Şekil  8)    

                                                                  Şekil  8-­‐  Protein  Boya  Türü    

 

 

17  

 

        3.1.2  Bir  leke  görüntüleme  için  örnek  seçimi  ayarlanmasının  örneklenmesi     Örnek  biçimi  sekmesinden  Blot  seçin,  sonraki  görüntülenecek  sekme  türü  leke  tipi  olacaktır.  Kullanıcı   Kemilüminisans  Blot  (kimyasal),  Floresan  etiketli  Blot  veya  görünür  Blot  (gözle  görülebilir  numune)   arasında  seçim  yapar.  (Şekil  9)  

 

  Şekil  9  -­‐  örnek  format  olarak  örnek  leke  seçimi                                  

 

18  

    3.2  Boya  Seçimi       GeneSys  yazılımı  floresan,  kemiluminisans,  kemifloresan  ve  görünür  lekelerden  çeşitli  uygulamaları   kapsayan  boyaların  geniş  bir  listesini  içeren  geniş  bir  veritabanına  sahiptir.    

Görüntülemek  boyaların  sayısının  sınırlaması  için  birçok  yol  vardır,  size  seçmek  istediğiniz  boya   türünün  adını  arama  kutusunu  kullanarak  yazmanız  yollardan  biridir.  (Şekil  10)    Eğer  düzenli  olarak   aynı  boyaları  kullanıyorsanız  'Sadece  son  seçim'  kutusu  kontrol  edilmesi  tavsiye  edilir.  (Şekil  10)             Şekil  10  –  Sadece  son  seçimleri  aramak  ve  seçmek       Eğer  multiplex  çalışmak  istiyorsanız  o  zaman  sadece  listeden  multiplex  için  istediğiniz  boyaları  seçin,   yazılım  tek  bir  numunede  5  boyaya  kadar  multiplex  sağlar.     Seçilen  boya  (lar)  seçilen  ürün  kutusunda  gösterilir.  Açık  olan  tüm  butonlar  tüm  seçili  boya  (lar)   kaldırır.  Seçilen  tek  bir  boyayı  kaldırmak  için  daha  sonra  sağ  üst  köşedeki  üzerindeki  kırmızı  kareye   tıklayın.  (Şekil  11)                  

19  

 

 

 

  Şekil  11  -­‐  Seçilmiş  öğeler  kutusu     3.3  Protokol  seçimi     GeneSys  yazılımı  ticari  olarak  temin  edilebilen  boyaların  çoğunluğunun  eksitasyon  ve  emisyon   eğrilerine  dayalı  olarak  bir  numune  için  en  uygun  görüntüleme  koşullarını  hesaplayan  geniş  bir  veri   tabanına  sahiptir.     Genesys  varsayılan  ayarlar  olarak  size  donanım  kurmanız  için  örneğin  en  iyi  görüntüleme  durumunu   gösterir.  (Şekil  12)  

Şekil  12  -­‐  Protokol  seçimi  ekranı     İsterseniz  donanım  ile  mevcut  tüm  görüntüleme  koşullarını  'daha  fazla  seçenek'  kutusunu  seçerek   kontrol  edebilirsiniz.(Şekil  13)     'Sadece  UV  protokolleri  olmadan'  göstermek  için  seçebiliceğiniz  örneğinizin  zarar  görmesini  önlemek   için  mavi  ışık  kullanarak  SYBR  Green,  SYBR  Gold  vb.  güvenli  boyalar  kullanarak  artan  bir  trend  ile   görüntüleme  yapabilirsiniz.  (Şekil  13)    

Şekil  13  -­‐  Mevcut  tüm  görüntüleme  koşullarının  görüntülenmesi    

20  

 

 

    Eğer  multipleks  görüntüleme  seçtiyseniz,  yazılım  seçilen  tüm  boyaların  görüntüleme  koşullarını   dikkate  alarak  seçilen  boyaların  her  biri  için  en  iyi  görüntüleme  koşullarını  hesaplayacaktır.  Bu   minimal  geçit  ile  çoklu  boyaların  yakalamasına  izin  verir.  (Şekil  14)    

Şekil  14-­‐  Çoklu  boyalar  için  Protokol  Seçimi     3.4  Örnek  Konumlandırma     Örnek  konumlandırma  ekranı  örneğinizi  canlı  bir  görüntü  ile  gösterir.  (Şekil  15)  

 

Şekil  15  -­‐  Örnek  Konumlandırma  ekranı        

 

21  

    Örneğinizin  konumunu  kontrol  etmek  ve  konumlandırmaya  yardımcı  olmak  kamera  açık  olduğunda   mümkün  olabilir,  bu  canlı  olduğunda,  bir  kafes  sistemini  görüntülemeyi  sağlar.  Kafes  sistemi  düz   olduğundan,  bir  jel  veya  lekeyi  konumlandırmak  için  yardımcı  olur.  (Şekil  16)    

  Şekil  16  –  Açık  modda  Izgara  gösterilmesi     Örneği  yerleştirdiğiniz  zaman  kısmen  kapıyı  açabilir  ya  da  kapatabilirsiniz.  Gerekirse  filtreyi  kaldırmak   için  seçebilirsiniz.  (Şekil  17)    

                                      Şekil  17  -­‐  Örnek  Konumlandırma  Aydınlatma  ve  Filtre  düğmeleri     Ekranda  mevcut  olan  kamera  kontrollerini  sürdürdüğünüzde,  bunlar  sisteme  bağlı  olarak  değişecektir.   Eğer  bir  geri  bildirim  lensi  monte  edilmiş  ise  kaydırma  çubuğu  kontrolleri  mevcut  olacaktır.  (Şekil  18)    

    Şekil  18  -­‐  Lens  Kontrolleri    

         

   

İris  kontrolü  (    )irisi  örneği  açıkça  görülebilecek  şekilde  ayarlar.  İrisi  açmak  ve  daha  fazla  ışığın   kamera  sensörüne  (    )  ulaşmasını  sağlamak  için  kaydırma  çubuğunu  yukarı  kaydırın  ve  irisi   kapatmak  için  kaydırma  çubuğunu  aşağı  doğru  hareket  ettirin.  Bir  geri  besleme  lens  olmadan   sistemler  için  iris  ayarlamasında  okları  kullanın.    

 

22  

  Maksimum  çözünürlük  elde  etmek  için  numune  yakınlaştırmak  amacıyla  yakınlaştırma  denetimini   kullanın.     Kuyular  odaklanarak  ya  da  bir  net  görüntü  görmek  için  Odağı  ayarlamak  için     Bir  jel  kenarında  ya  da  kuyularda  odaklama  ile  net  bir  görüntü  görmek  için  odak  ayarlama       N.B.  ,  İris  ayarında  yakınlaştırma  ve  geri  besleme  lens  olmadan  sistemler  için  okları  kullanın.     GeneSys  yazılımının  bir  ilgi  alanı  tanımlamak  için  izin  veren  bir  AutoExpose  Alan  işlevi  vardır.  Soluk   bantlar  varsa,  bu  fonksiyon  özellikle  yararlıdır.  Bir  autoexpose  alanı  seçerek  bu  soluk  bantları  daha   görünür  olması  bir  uzun  pozlama  ile  sağlanacaktır  .  Ancak,  daha  belirgin  bantlar  (koyu)  pozlanmış  hale   gelebilir.    

                            Şekil  19  -­‐  Autoexpose  fonksiyonu     GeneSys  yazılımı  aynı  zamanda  Nötr  alana  yeteneğine  sahiptir.  Nötr  alan  fonksiyonu  düzensiz   aydınlatma  için  doğrulanabilir  olan  güçlü  algoritmalara  dayanmaktadır.  Bunlar  görüntünün  düz,  hatta   arka  planda  GLP  uyumunu  koruyarak  sonuç  verir.  Nötr  alan  onay  kutusunu  işaretleyin  (Şekil  20)  daha   sonra  ekrandaki  talimatları  izleyin.  (Şekil  21)    

                              Şekil  20  -­‐  Nötr  alan  düğmesi     Örneğin  tipine  bağlı  olarak  (UV  veya  transilluminator'de  beyaz  ışık)  bağlı  olarak,  aşağıda  gösterilen  iki   alt  iletilerinden  birini  nötr  alan  için  tercih  edebilirsiniz.    

                                                                                               

 

 

23  

 

 

 ya  da  

 

Şekil  21  -­‐  Nötr  Alan  iletişim  kutuları       3.5.  Ekran  yakalama     Ekran  yakalama  (GeneTools  gereklidir),  kaydetme,  yazdırma,  görüntüleri  düzenleme  ve  çekilen   görüntüyü  analiz  yeteneği  de  dahil  olmak  üzere  geniş  bir  fonksiyon  yelpazesi  sunar.       Yakalanan  görüntü  Şekil  22'de  gösterildiği  gibi  sağ  tarafta  mevcut  kullanılan  protokolün  özeti  ile  ana   penceresinde  görüntülenir.    

Şekil  22  -­‐  Otomatik  ekran  yakalama       Güncel  Protokol  kutusu  aydınlatma  ve  kullanılmış  filtre  kombinasyonu  ve  pozlama  süresini   özetlemektedir.  (Şekil  23)    

 

24  

 

 

                                                                                           Şekil  23  -­‐  Güncel  Protokol  özeti       Yakalayacağınız  görüntünün  koyu  olmadığından  emin  olmak  için  'Renk  yoğunluğu  göster  butonu  '   seçin.(Şekil  24)  Kaydırma  çubukları  kaydırmanın  her  iki  ucuna  taşındığında  sadece  koyuluğu   gösterecektir.       Aşırı  maruz  kalmış  (doygun)  Beyaz  bantlar  kırmızı  görünecektir  ve  aşırı  maruz  kalan  siyah  alanları     mavide  gösterecektir.  Bu  fonksiyon,  eğer  bantların  seçilen  alan  dışında  doygun  olup  olmadığını   görmek  isterseniz  ,'  AutoExpose  Alanı  Seçimi  '  yapıldığı  zaman  özellikle  yararlıdır.                                             Şekil-­‐  24.  Doygunluk  butonunu  göster     Histogram  aracı  resmin  içindeki  gri  ölçek  dağılımını  göstermek  için  çok  yararlıdır.  (Şekil  25)    Üretilen   gri  ölçekler  seviyesi  pozlama  süresine  bağlıdır.  65536  gri  ölçeğe  kadar  görüntülenir.  (Şekil  26)    

                                              Şekil  25  -­‐  Histogram  Aracı  Simgesi    

                                                                  Şekil  26  -­‐  Gri  skala  seviyelerinin  sayısının  grafiksel  gösterimini  yakalama     Ekranın  sol  tarafında  bulunan  kaydırma  çubukları  parlaklığını  ve  görüntü  kontrastını  ayarlayabilir  ve   dijital    olarak  içinde  veya  dışında  büyütmek  için  kullanılabilir.  (Şekil  27)    Yukarı  ve  aşağı  kaydırma   sekmelerini  hareket  ettirerek  parlaklık  ve  kontrastı  ayarlayın.  Dönmek  için  orijinal  ayarları  sıfırlama   düğmesine  tuşuna  basın.  (yeşil  oklar)    Yakınlaştırmak  için  kaydırma  çubuğunu  (+)  işaretine  doğru   hareket  ettirin  ve  uzaklaştırmak  için  doğru  kaydırma  çubuğunu  (-­‐)  işaretine  doğru  hareket  ettirin.    

 

25  

 

                                                                                                                      Şekil  27  -­‐  Parlaklık  ve  kontrast  ve  dijital  zoom  için  kaydırma  çubukları       Yakalanan  görüntü  hakkında  daha  fazla  bilgi  görüntülemek  için  görüntü  bilgileri  simgesini  seçin.     Açılır  pencere  seçtiğiniz  boya,  filtre,  ışık  kaynağı,  iris  F  numarası,  maruz  kalma  süresi  ve  görüntü   boyutu  hakkında  bilgi  gösterecektir.  Görüntü  bilgileri  düğmesi  aynı  zamanda  siyah  ve  beyaz  seviyeleri   aralığı  hakkında  bilgi  sağlar.  Ayrıca  bant  üzerinde  fare  okunu  hareket  ettirdiğinizde  ve  siyah  ve  beyaz   seviyeleri  ve  XY  koordinatları  bu  kutuda  görüntüleyebilirsiniz.  (Şekil  28)    

                                                                                                                                        Şekil  28  -­‐  Görüntü  Bilgileri  Simgesi     Çekim  tuşu  önceden  ayarlanmış  tüm  koşullar  kullanılarak  yakalanan  başka  bir  görüntü  sağlar.(Şekil   29)  

                                                                                                                                              Şekil  29  -­‐  Yakala  butonu     Eğer  önceden  yakalanan  görüntülere  göz  atmak,görüntülemek  ve  düzenlemek  isterseniz,  yakalama   düğmesine  bastıktan  sonra  yakalama  ekranından  gezinebilirsiniz.  Çekilen  görüntü  pozlama  süresi   simgesini  aldığında  yeşil  yanıp  sönecektir.  (Şekil  30)    Çekilen  resme  dönmek  için  yakalama  ekranına   geri  dönecek  olan  pozlama  süresi  simgesine  sadece  basın  veya  tıklayın.    

                                                                                                                                          Şekil  30  -­‐  Çekim  süresi  simgesi        

 

 

26  

        GeneSys  yazılım,  herhangi  bir  zamanda  alınabilir  ve  tekrarlanabilir  sistem  ayarları  içeren  (aydınlatma,   filtre  ve  kamera  ayarları)  mevcut  protokolleri  ayarlamanızı  sağlar.  (Şekil  31)    Bu  tekrarlanabilir  iş   akışları  yapılandırmasıdır,  bir  yapılandırma  kaydetmek  için  aşağıdaki  simgeyi  seçin.  (Bir   yapılandırmanın  nasıl  kurulacağı  hakkında  daha  fazla  bilgi  için  Bölüm  6’ya  bakınız.)    

Şekil  30  -­‐  Yapılandırma  Simgesi                                 Ekranın  sağ  tarafında  görüntü  havuzu  mevcuttur  son  zamanlarda  bu  oturumda  yakalanan   kaydedilmemiş  görüntüler  ve  kaydedilenleri  içerir.  Kaydedilmemiş  olan  görüntüler  kırmızı  dış  kenar   çizgili  görüntüler;  yeşil  dış  kenar  çizgili  görüntüleri  kaydedilmiş  görüntüler  ve  dosya  adı  mevcut   olacaktır.  (Şekil  32)    

                                                                  Şekil  32  -­‐  Kaydedilmiş  ve  kaydedilmemiş  görüntüler     Ekran  yakalama  görüntü  havuzundan  bir  görüntü  kaldırmak  için,  Kapat  düğmesini  seçin.  (Şekil  33)     N.B.  Bu,  her  bir  görüntü  havuzundan  görüntüyü  kaldıracaktır.  Görüntü  kaydedilmemiş  ise  yazılım   çıkmadan  önce  görüntü  kaydetmek  isteyip  istemediğinizi  sorar.    

                                                                                                          Şekil  33  -­‐  Kapat  düğmesi     Görüntü  havuzu  da  Çoklu  Seçim  Modu  kutusunu  kontrol  ederek  birden  fazla  görüntü  seçmek  için  aynı   zamanda  izin  verir.  (Şekil  34)                                                                                                                   Şekil  34  -­‐  Çoklu  Seçim  Modu  onay  kutusu    

 

 

27  

  Seçilen  görüntü  (ler)  daha  sonra  kaydedilebilir,  yazdırılabilir,  Görünüm  ekranına  gönderilebilir.(Bölüm   5  kısım  5.8)  karşılaştırma  için  veya  ekran  düzenleme  için  (Bölüm  5  kısım  5.1  bakınız)  daha  da  ileri   götürmek  için  bakınız.(Şekil  35)      

                                  Şekil  35  -­‐  Kaydet,  yazdırma,  görüntüleme  ve  düzenleme  resim  simgeleri       a) Kaydet  simgesi  b)  yazdırma  simgesi  c)  Görüntüleme  simgesi  d)  Düzenleme  ekran  simgesi     Tek  görüntülerin  analizi  için  GeneTools  gönderilebilir.  (Şekil  36)    

                                                                                                                                                                                  Şekil  36  -­‐  GeneTools  simgesini  gönder                                                        

28  

 

    Bölüm  4-­‐  Manuel  Yakalama   Manuel  yakalama  sistemin  her  fonksiyonunu  tam  olarak  kontrol  altına  alma  yeteneği  sunar.  Manuel   mod  daha  sıradışı  uygulamalar  için  kullanmak  istediğiniz  görüntüleme  parametrelerini  biliyorsanız   özellikle  yararlıdır.    

  Şekil  37  -­‐  Manuel  ekran  yakalama     Öncelikle  Manuel  yakalama  kamera  canlı  olarak  seçilir.  Canlı  modda  Lens  kontrolleri  mevcuttur.   Seçilmesi  gereken  uygun  aydınlatma  ve  filtre  kombinasyonu  ile  örneğinizi  konumlandırabilirsiniz.   Hem  aydınlatma  hem  de  filtre  menülerine  sisteminizde  mevcut  olan  açılır  menüden  ulaşabilirsiniz.   (Şekil  38)      

Şekil  38  -­‐  Manuel  modda  Aydınlatma  ve  Filtreleri  Seçme      

 

29  

 

  Kamera  canlı  olduğunda  bu  örneğinizin  konumunu  kontrol  etmek  ve  örneğinizin  konumlandırmasına   yardımcı  olmak  için  bir  kafes  görüntülemek  mümkündür.  Kafes  düz  olduğundan  jel  veya  lekenin   konumuna  yardımcı  olur.  (Şekil  39)    

                                                                                                      Şekil  40  –  Pozlama  Sürelerinin  Ayarlanması     Otomatik  yakalama  aslında  doygunluğu  izin  vermeden,  örneğin  maksimum  gri  ölçekleri  yakalamak   için  tasarlanmıştır.Bu  nedenle,  bu  özellik  sayısal  verileri  ölçmek  için  idealdir.  (Şekil  41)    

                                                                                                                                  Şekil  41  -­‐  Otomatik  Çekim  düğmesi   Çekeceğiniz  görüntü  doygun  olmadığından  emin  olmak  için  'Doygunluk  gösterme  düğmesi'   seçin.(Şekil  42)  Kaydırma  parlaklık  /kontrast  sürgünün  her  iki  ucuna  taşındığında  kaydırma  çubuğu   sadece  doygunluğu  gösterecektir.  Aşırı  maruz  kalmış  (doymuş)  beyaz  şeritler  üzerinde  kırmızı  ve  aşırı   maruz  kalan  siyah  alanları  mavi  gösterecektir.  (Şekil  43)                                                                                                 Şekil  42  -­‐  Doygunluk  düğmesini  göster  

 

                                                                                  Şekil  43  -­‐  Bir  jelde  doygunluğu  gösterme  görüntüsü     Doymuş  olan  bantlar  kırmızı  renkli  gösterilir.  

 

30  

 

    GeneSys  yazılımı  aynı  zamanda  Nötr  alan  yeteneğine  sahiptir.  Nötr  alanı  işlevi  düzensiz  aydınlatma   için  doğrulanabilir  güçlü  algoritmalara  dayalıdır.  Düz  bir  yüzeyde  görüntülenen  bu  sonuçlar  hatta  arka   planda  GLP  uyumunu  korurken  sonuçlanır.  Nötr  alan  için  nötr  alan  onay  kutusunu  onaylayın  (Şekil  44)     ve  daha  sonra  aşağıdaki  ekrandaki  talimatları  izleyin.  (Şekil  45)      

                                                                                Şekil  44  –  Nötr  alan  onay  kutusu     Örneğin  tipine  bağlı  olarak  (UV  veya  transilluminator'de  beyaz  ışık),  nötr  alan  isterseniz,  aşağıda   gösterilen  iki  alt  iletilerinden  birini  alabilirsiniz.    

                                                     

 

 ya  da              

 

  Şekil  45  -­‐  Nötr  Alan  Dialog  kutuları     Dondurmak  için  (Eğer  bir  dokunmatik  ekran  monitörü  varsa)  görüntüye  basın  veya  yakalama   düğmesine  tıklatın.  (Şekil  46)    Görüntü  artık  canlı  değildir.  Eğer  yakalama  iptal  etmek  isterseniz  de,   herhangi  bir  zamanda  'Dur'  butonuna  basabilirsiniz.(Şekil  46)          

                                                              Şekil  46  -­‐  Yakalama  ve  Durdur  düğmeleri     Piksel  gruplaması  bundan  başka,  görüntü  edinim  hızı  açısından  bir  CCD  sensör  duyarlılığını  arttıran  bir   süreçtir.  Gruplama  işlemi  piksel  kare  gruplarını  içerir  ve  bir  'süper'  piksel  bunları  birleştirerek  

 

31  

  kombine  eder.  Bunun  için  gerekli  maruz  kalma  sürelerini  azaltma  etkisine  sahiptir.  Bununla  birlikte,   bu  görüntü  çözünürlüğü  bir  azalmaya  yol  açacaktır.     GeneSys  yazılım  piksel  grupları  2x2,  3x3,  4x4,  5x5,  6x6,  8x8  (sistem  bağımlı).    birleştirmeyi  içeren   piksel  gruplandırma  seçenekleri  sunmaktadır.  Eğer  '  Birleştirme  Olmasın'  seçeneğini  gerçekleştirmek   isterseniz  ve  açılan  listeden  gelen  gruplamanın  düzeyini  seçin.  (Şekil  47)    

                                                                                                                          Şekil  47  –  Veri  gruplama  faktörleri     4.1  Manuel  serileri  ve  multipleks  yakalama  ayarları       Yazılım  bir  dizi  görüntü  yakalamak  için  veya  çoklu  görüntüleri  yakalamak  için  sistemi  yapılandırmak   amacıyla  bir  dizi  adımlarla  sizi  yönlendirir.  (Şekil  48)    

                                                                                                                                                  Şekil  48  -­‐  Yakalama  ayarlama  düğmesi     4.1.1  Seri  yakalama  ayarları     Örnek  için  bir  kemilüminisan  lekesinin  bir  dizi  yakalamasını  gerçekleştirmek  için,  yakalamak  istediğiniz   görüntü  sayısını  seçmeniz  gerekir  daha  sonraki  aşamaya  geçmek  için  yeşil  oku  seçin.  (Şekil  49)    

                                  Şekil  49  –  Çekimde  görüntü  sayısını  seçerek  manuel  serisi  yakalama     Eğer  açılır  menüden  gruplama  seviyesini  seçmeyi  gerçekleştirmek  isterseniz  .(Şekil  47).          

32  

      Yazılım  size  'bu  multiplek  mi?'  diye  soru  soracaktır.  Bir  dizi  yakalama  ayarının  yapılması  için     yeşil  çarpı  işaretini  seçmeniz  gerekir.  (Şekil  50)    

                                                                                                            Şekil  50  -­‐  Seri  yakalama  ayarlamada  multipleksleme  sorusu     Yazılım  daha  sonra  ‘Önceki  görüntünün  içeriğini  ekle?’  sorusunun  cevabını  isteyecektir.     Birlikte  görüntüleri  ekleme  daha  uzun  bir  pozlama  verir.  Eğer  1  dakikada  3  görüntü  yakalarsanız  ve   onları  birbirine  eklerseniz  son  görüntü  3  dakika  maruz  kalmaya  eşdeğer  olacaktır.                                                                                                      

                                                                                                            Şekil  51  -­‐  Seri  yakalama  ayarlarında  önceki  içeriklere  ekleme  sorusu     Uygun  aydınlatma,  filtre  ve  pozlama  süresini  seçin.  (Şekil  52)    

       

                             

 

  Şekil  52  -­‐  Manuel  seri  yakalama  için  uygun  aydınlatma,  filtre  ve  pozlama  süresini  seçilmesi     Eğer  seri  görüntülerin  birinin  aydınlatma,  filtre  veya  pozlama  süresini  değiştirmek  istiyorsanız   sonrasında  'Önceki'  ile  aynıdır  kaldırın,  yeşil  ok  tuşuna  basın.  (Şekil  53)                                                                                                     Şekil  53  -­‐  Bir  önceki  işaretleme  kutusu  ile  aynı              

 

 

33  

      Görüntüler  arasında  değişim  yapmak  için  yeşil  oka  basın.  Önce  yakalama  düğmesine  basarak  sizi   protokolü  inceleyebilirsiniz.  Yakalama  tuşuna  basma  işlemi  bittiğinde.  (Şekil  54)    

                                                                                                                              Şekil  54  -­‐  Manuel  seri  yakalama  gezinme  okları  ve  yakalama  düğmesi     Çekim  tuşuna  basıldıktan  sonra  size  Mevcut  Protokol  gösterilir.  Serinin  her  bir  görüntü   yakalandığında  yeşil  bir  ok  özet  kutusundan  görünecektir.  (Şekil  55)    

                                                                                            Şekil  55  -­‐  Manuel  seri  yakalama  mevcut  protokol  bilgileri     4.1.2  Multipleks  Yakalama  ayarları     Örnek  için  bir  multiplekslenmiş  Western  Blot’un  multipleks  yakalamasını  gerçekleştirmek  için,   yakalama  için  görüntülerin  sayılarını  seçmeniz  gerekecektir.(örn.  multipleks  boyaların  sayısı  (Şekil  56),        

                                    Şekil  56  –  Yakalama  için  görüntülerin  sayısının  manual  multipleks  seçimi                    

 

34  

        Eğer  açılır  menüden  gruplama  seviyesini  seçmeyi  gerçekleştirmek  isterseniz  .(Şekil  47).       Yazılım  size  'bu  multiplek  mi?'  diye  soru  soracaktır.  Bir  dizi  yakalama  ayarının  yapılması  için     yeşil  çarpı  işaretini  seçmeniz  gerekir.  (Şekil  57)    

                                                                                                            Şekil  57  -­‐  Seri  yakalama  ayarlamada  multipleksleme  sorusu     Uygun  aydınlatma,  filtre  ve  pozlama  süresini  seçin.  (Şekil  52)    

                                      Şekil  58  -­‐  Manuel  seri  yakalama  için  uygun  aydınlatma,  filtre  ve  pozlama  süresini  seçilmesi     Eğer  seri  görüntülerin  birinin  aydınlatma,  filtre  veya  pozlama  süresini  değiştirmek  istiyorsanız   sonrasında  'Önceki'  ile  aynıdır  kaldırın,  yeşil  ok  tuşuna  basın.  Eğer  optimum  pozlama  süresini   sistemde  ayarlamak  istiyorsanız    'Otomatik'  seçtikten  sonra  çıkın.  (Şekil  58)                     Şekil  59  -­‐  Bir  önceki  işaretleme  kutusu  ile  aynı     Görüntüler  arasında  değişim  yapmak  için  yeşil  oka  basın.  Önce  yakalama  düğmesine  basarak  sizi   protokolü  inceleyebilirsiniz.  Yakalama  tuşuna  basma  işlemi  bittiğinde.  (Şekil  59)    

                    Şekil  60  -­‐  Manuel  seri  yakalama  gezinme  okları  ve  yakalama  düğmesi        

 

35  

        Çekim  tuşuna  basıldıktan  sonra  size  Mevcut  Protokol  gösterilir.  Serinin  her  bir  görüntüsü   yakalandığında  yeşil  bir  ok  özet  kutusundan  görünecektir.  (Şekil  61)    

                                                                                                          Şekil  61  -­‐  Manuel  seri  yakalama  mevcut  protokol  bilgileri     Histogram  aracı  resmin  içindeki  gri  ölçek  dağılımını  göstermek  için  çok  yararlıdır.  (Şekil  62)  Üretilen   gri  ölçekler  seviyesi  65536  gri  ölçeklere  kadar  pozlama  süresine  bağlı  olarak  görüntülenir.  (Şekil  63)    

Şekil  62  -­‐  Manuel  Histogram  araç  düğmesi    

 

                                                                Şekil  63  –  Yakalanan  gri  skala  seviyelerinin  sayısal  olarak  grafiksel  gösterimi                    

 

36  

    Ekranın  sol  tarafında  bulunan  kaydırma  çubukları  parlaklığını  ve  görüntü  kontrastını  ayarlayabilir  ve   dijital  olarak  içinde  veya  dışında  büyütmek  için  kullanılabilir.  Yukarı  ve  aşağı  kaydırma  sekmelerini   hareket  ettirerek  parlaklık  ve  kontrastı  ayarlayın.  (Şekil  64)Dönmek  için  orijinal  ayarları  sıfırlama   düğmesine  tuşuna  basın.  (yeşil  oklar)    Yakınlaştırmak  için  kaydırma  çubuğunu  (+)  işaretine  doğru   hareket  ettirin  ve  uzaklaştırmak  için  kaydırma  çubuğunu  (-­‐)  işaretine  doğru  hareket  ettirin.    

               

 

 

 

         

         

 

Şekil  64  -­‐  Parlaklık  ve  kontrast  ve  dijital  zoom  için  kaydırma  çubukları     Yakalanan  görüntü  hakkında  daha  fazla  bilgi  görüntülemek  için  görüntü  bilgileri  simgesini  seçin.     Açılır  pencere  seçtiğiniz  boya,  filtre,  ışık  kaynağı,  iris  F  numarası,  maruz  kalma  süresi  ve  görüntü   boyutu  hakkında  bilgi  gösterecektir.  Görüntü  bilgileri  düğmesi  aynı  zamanda  siyah  ve  beyaz  seviyeleri   aralığı  hakkında  bilgi  sağlar.  Ayrıca  bant  üzerinde  fare  okunu  hareket  ettirdiğinizde  ve  siyah  ve  beyaz   seviyeleri  ve  XY  koordinatları  bu  kutuda  görüntüleyebilirsiniz.  (Şekil  65)    

                                                                                                                                            Şekil  65  -­‐  Görüntü  Bilgileri  Simgesi                                                                                                                                     GeneSys  yazılım,  herhangi  bir  zamanda  alınabilir  ve  tekrarlanabilir  sistem  ayarları  içeren  (aydınlatma,   filtre  ve  kamera  ayarları)  mevcut  protokolleri  ayarlamanızı  sağlar.  Bu  tekrarlanabilir  iş  akışları   yapılandırmasıdır,  bir  yapılandırma  kaydetmek  için  aşağıdaki  simgeyi  seçin.  (Bir  yapılandırmanın  nasıl   kurulacağı  hakkında  daha  fazla  bilgi  için  Bölüm  6’ya  bakınız.)    

 

Şekil  66  -­‐  Yapılandırma  Simgesi                                            

37  

  Ekranın  sağ  tarafında  görüntü  havuzu  mevcuttur  son  zamanlarda  bu  oturumda  yakalanan   kaydedilmemiş  görüntüler  ve  kaydedilenleri  içerir.  Kaydedilmemiş  olan  görüntüler  kırmızı  dış  kenar   çizgili  görüntüler;  yeşil  dış  kenar  çizgili  görüntüleri  kaydedilmiş  görüntüler  ve  dosya  adı  mevcut   olacaktır.  (Şekil  67)    

                                                                                                                                    Şekil  67  -­‐  Kaydedilmiş  ve  kaydedilmemiş  görüntüler     Ekran  yakalama  görüntü  havuzundan  bir  görüntü  kaldırmak  için,  Kapat  düğmesini  seçin.  N.B.  Bu,  her   bir  görüntü  havuzundan  görüntüyü  kaldıracaktır.  Görüntü  kaydedilmemiş  ise  yazılım  çıkmadan  önce   görüntü  kaydetmek  isteyip  istemediğinizi  sorar.  (Şekil  68)        

 

                                                                                                            Şekil  68  -­‐  Kapat  düğmesi     Görüntü  havuzu  da  Çoklu  Seçim  Modu  kutusunu  kontrol  ederek  birden  fazla  görüntü  seçmek  için  aynı   zamanda  izin  verir.  (Şekil  69)                                                                                                                       Şekil  69  -­‐  Çoklu  Seçim  Modu  onay  kutusu     Seçilen  görüntü  (ler)  daha  sonra  kaydedilebilir,  yazdırılabilir,  Görünüm  ekranına  gönderilebilir.(Bölüm   5  kısım  5.8)  karşılaştırma  için  veya  ekran  düzenleme  için  (Bölüm  5  kısım  5.1  bakınız)  daha  da  ileri   götürmek  için  bakınız.(Şekil  70)      

                                      Şekil  69  -­‐  Kaydet,  yazdırma,  görüntüleme  ve  düzenleme  resim  simgeleri       a)  Kaydet  simgesi  b)  Yazdırma  simgesi  c)  Görüntüleme  simgesi  d)  Düzenleme  ekran  simgesi    

 

38  

      Tek  görüntülerin  analizi  için  GeneTools  gönderilebilir.  (Şekil  71)    

Şekil  71  -­‐  GeneTools  simgesine  gönder                                                                          

 

                                                                                                                                                                                   

39  

     

 

Bölüm  5-­‐Gözat,  Düzenle  ve  Görünüm  Ekranları     5.1  Düzenleme  Ekranı       Düzenleme  Ekranı  çoğalan  görüntüden  çeşitli  fonksiyonları  size  sunar  ve  yayın  amaçlı  görüntünün   çözünürlüğünü  değiştirmek  için  3D  görünümü  sağlar.    

  Şekil  72  -­‐  Düzenleme  Ekranı       Düzenleme  ekranı  açıklama,  geliştirme  araçları  ve  3D  görünüm  arasında  geçiş  sağlayan  ekranın  sol  üst   tarafta  bulunan  3  düğmeden  oluşan  bir  panele  sahiptir.  (Şekil  73)    

    Şekil  73  -­‐  Düzenleme  ekran  açıklama,  geliştirme  ve  3D  simgeleri   Soldan  sağa  simgeler  açıklama,  geliştirme  ve  3D  vardır.                

 

40  

          5.2  Ek  bilgi  araç       GeneSys  yazılımı  ile  birlikte  mevcut  birçok  açıklama  araçları  vardır.  Siz  Düzenle  ekranına  girdiğinizde   açıklama  araçları  otomatik  olarak  görünecektir  ve  Geliştirme  ve  3D  araçlarına  erişmek  için  Şekil   73’ten  uygun  simgeyi  seçmek  gerekir.    

 

Şekil  73  –  Ek  bilgi  araçları    

 Bir  seçim  aracı  olarak  fare  okunu  kullanın.    

 Lütfen  resme  metin  eklemek  için  Abc  düğmesini  kullanın.  Sadece  yazmak  istediğiniz   resmin  üzerine  tıklayın.  Şimdi  doğrudan  bir  görüntü  üzerine  metin  yazabilirsiniz.  Metni  düzenlemek   için,  üzerine  çift  tıklayın.  Yazı  tipi,  boyut  ve  stil  seçimi  sağlayan  bir  pencere  görünecektir.  (Şekil  75)     Metin  kutusu  tüm  açıklama  olarak  ekranın  etrafında  sürüklenebilir.    

Şekil-­‐  75  Abc  iletişim  kutuları        

 

 

 

41  

   

 

 Eğer  doldurulmuş  bir  şekil  çizmek  istediğiniz  zaman  bu  araç  kullanılabilir.  Dolgu  düğmesine   basın  ve  daha  sonra  şekil  x  gösterilen  simgeleri  çizmek  istediğiniz  şekli  seçin.       Dikdörtgenler,  daire,  serbest  şekiller,  çizgiler  ve  oklar  çizmek  için  aşağıda  gösterilen  uygun  simgeyi   tıklatın.  (Şekil  76)                             Şekil  76  -­‐  Çizim  simgeleri     Herhangi  bir  ek  açıklama  rengi  açılır  menü  kullanılarak  değiştirilebilir.(Şekil  77)     N.B.Siyah  ve  beyaz  termal  yazıcıyı  kullandığınızda  bu  netliği  beyaz  veya  siyah  ek  bilginin  kullanılması   tavsiye  edilir.    

  Şekil  77  -­‐  Açılır  menü  çizgi  ve  şekilllerin  renk  seçeneği      

 

42  

 

      Açıklamalı  nesnelerin  tarzı  örneğin  çizgi  kalınlığı  ve  tarzı  açılır  menü  kullanılarak  değiştirilebilir.(Şekil   78)        

    Şekil  78  –  Açılır  menüden  çizgi  kalınlığını  seçin.     Görüntüler  SGD  biçiminde  olduğunda  yapılan  herhangi  bir  ek  açıklamalar  otomatik  olarak   kaydedilecektir.  Diğer  formatlarda  kaydederken,  açıklamaları  kaydedilmiş  yapmak  için  biçim   kutusunu  kontrol  etmelisiniz.  Görüntü  kaydetme  hakkında  daha  fazla  bilgi  edinmek  için  bölüm  7.1.   bakınız.     Başka  bir  görüntü  üzerine  oluşturabileceğiniz  ayrı  bir  dosyada  görüntünüz  için  yaptığınız  herhangi  bir   açıklamayı  kaydetmek  amacıyla  dokunmatik  ekrana  basın  ya  da  aşağıdaki  simgeyi  tıklayın.  (Şekil  79)    

    Şekil  79  –  Kaydetme  /  Yükleme  ek  bilgi  simgesi     Simgeyi  seçtiğinizde  aşağıdaki  iletişim  kutusu  belirecektir.  Kaydetme,  yükleme  veya  iptal  etmek  için   seçin.  (Şekil  80)    

 

43  

 

  Şekil  80  –  Kaydetme  /  Yükleme  iletişim  kutusu   5.3  Görüntü  Döndürme       Açıklama  ve  geliştirme  araçlarını  seçtiğinizde  döndürme  fonksiyonu  mevcuttur.  Döndürme  işlevini   gerçekleştirmek  için  aşağıdaki  simgeyi  seçin.  (Şekil  81a).Bu  düğme  seçildikten  sonra  fare  imleci  iki  oku   göstermek  için  değişecektir.  Bu  imleç  sonrası  serbestçe  görüntü  döndürmek  için  kullanılabilir  (b).   Sonuçlandırmak  için  (Düzeltme)rotasyon  butonunu  tıklayın  (a).  Görüntü  basımının  yönünü  sıfırlamak   için  yeniden  başa  dönün  (c).    

a)  

           

b)

   

 

c)  

 

  Şekil  81  -­‐  Rotasyon  simgeleri     a)  rotasyon  /  düzeltme  tuşu,  b)  serbest  dönmesine  izin  imleci  okları  c)  reset  düğmesi     5.4  Resim  kaynağı     Böyle  keskinleştirme,  düzleştirme  ve  bir  alanda  kırpma  gibi  görüntüde  değişimler  yapmak  isterseniz   bu  görüntü  kaynağında  ve  görüntüde  artık  uygulanacaktır.  (Şekil  82).Orijinal  görüntüye  göz  atmak  için   orijinal  görüntü  düğmesine  basın.  (Şekil  82a)  İşlem  görmüş  görüntüye  geri  dönmek  için  işlenmiş   görüntü  düğmesine  basın.(Şekil  82b)    

a)         b)     Şekil  82  -­‐  Görüntü  kaynağı  simgeleri     a)  Orijinal  görüntü        b)  İşlenen  görüntü     5.5  Doygunluk  düğmesi     Doygunluk  göstermek  için  parlaklık  /kontrast  sürgünün  her  bir  ucunda  kaydırma  çubuklarını  hareket   ettirin.  Aşırı  maruz  kalan  (doymuş)  beyaz  şeritleri  kırmızı  ve  aşırı  maruz  kalan  siyah  alanları  mavi   gösterecektir.    

Şekil  83  -­‐  Doygunluk  düğmesi  

 

 

44  

 

 

GeneSys  geliştirme  araçlarını  sunmaktadır.Geliştirme  araçlarına  erişmek  için  bu  simgeyi  seçin.     5.6  Geliştirme  araçları     Görüntü  geliştirme  araçları  görüntü  ekleme,  düzeltme,  keskinleştirme,  döndürme  ve  kırpma   işlemlerini  kullanıcıya  sağlar.  (Şekil  84)      

Şekil-­‐  84  Görüntü  Geliştirme  araçları      

 

Görüntüye  bir  keskinleştirici  filtre  uygulamak  için  bu  simgeyi  tıklayın.  Bu  filtre  uygulandığı   zaman  bant  kenarları  daha  belirgin  olması  gerekir  ama  aynı  zamanda  görüntünün  tanecikli   görünmesinde  bir  artış  görülebilir.      Bir  düzeltme  filtresini  uygulamak  için  bu  simgeyi  tıklayın.  Görüntüde  toz  veya  kabarcık  lekesi   olduğunda  yararlıdır.  Ancak,  bu  bantların  daha  keskin  görünmesini  sağlayacaktır.      Tersine  çevirme  simgesi  beyaz  bir  arka  plan  ya  da  tam  tersi  siyah  bantlar  vermek  için   görüntüyü  ters  çevirecektir.  Soluk  bantları  görmek  için  çalışırken  bu  simge  özellikle  yararlıdır.      Leke  düzeltme  simgesi  görüntüden  beyaz  benekleri  veya  'hot  piksel'  kaldıracaktır.      Dikey  çevirme  dikey  düzlemde  görüntüyü  ayna  olacak  şekilde  çevirecektir.  Kabine  yanlış   yerleştirilmiş  örneğinizin  olması  durumunda  yararlıdır.      Yatay  çevirme  yatay  düzlemde  görüntüyü  ayna  olacak  şekilde  çevireceltir.  Kabine  yanlış   yerleştirilmiş  örneğinizin  olması  durumunda  yararlıdır.      

45  

 

 

 

Seç  simgesi  yakalanan  görüntü  içinde  bir  ilgi  alanı  seçmenize  olanak  verir.        Kırpma  simgesi  ilgili  seçili  alanı  kırpmayı  ve  ayrı  bir  pencerede  yapıştırmayı  sağlayacak  ;seçme   ve  kırpma  işlemleri  birlikte  kullanıldığında  görüntü  boyutu  azalacaktır.     5.7  3D  Görünümü     3D  görünüm,  kullanıcıya  görüntünün  3D  görüntüsünü  görmeyi  sağlayan  bir  işlevdir,  bir  jel  üzerinde   tepeler  arasındaki  jel  kalınlığı  ve  kontrast  ortaya  çıkarılmıştır.3D  görünümü  herhangi  bir  örnek  tipine   kullanılabilir.    

3D  görüntüleyiciyi  açmak  için  bu  simgeyi  seçin.    

 

 

  Şekil  85  -­‐  3D  Görünüm  ekranı              

 

46  

      Görünümü  kontrol  etmek  için  aşağıdaki  kontrolleri  kullanabilirsiniz.      

                                    Şekil  86  -­‐  3D  Görünüm  kontrolleri     Görüntünün  rotasyonunu  döndürmek  için  mavi  okları  kullanın  ve  görüntüyü  ekranda  yukarı  ve  aşağı   sağa  ve  sola  taşımak  için  yeşil  okları  kullanın.  Ortadaki  düğmeler  orijinal  konuma  sıfırlanmayı  sağlar.       Gerektiği  gibi  konumlandırmak  için  3D  görüntü  bir  fare  ile  sürükleyerek  ve  tıklayarak  ayrıca  kontrol   edilebilir.       Sönük  bantları  görmek  için  görüntünün  gama  ayarlaması  yapmak  için  Gamma  kaydırıcısını   kullanın.(Şekil  87)       Şekil  87  -­‐  3D  Görünüm  gama  kaydırıcı     Yanlış  bir  renk  boyaması  ekleme  kontrastı  artırabilir.  'Varsayılan'  butonunu  seçin  ve  menüden  3D   görüntüye  uygulamak  istediğiniz  renk  boyamasını  seçin.  (Şekil  88).     Renk  boyama  düğmesi  bir  SYBR  Green  DNA  jel  için  yeşil  renk  boyama,  bir  SYBR  Gold  DNA  jel  için  sarı   renk  boyama  seçmek  aynı  zamanda  farklı  boyalar  için  kullanılabilir.  Turuncu,  mavi  ve  kırmızı  bir   protein  jelin  gümüş,  Coomassie  mavi  ve  SYPRO  sırasıyla  kırmızı  lekeli  görünmesini  sağlar.  Yanlış  renk   daha  iyi  soluk  bantları  göstermek  için  kullanılabilir.                          

47  

   

 

  Şekil  88  -­‐  Renk  Boyama     Düzenleme  Ekranın  sağ  tarafında  bulunan  mevcut  Görüntü  havuzu  Gözat  ekranından  veya  yakalama   ekranlardan  birinden  Düzenle  ekranı  içine  getirilen  görüntüleri  gösterir.  Bu  havuzdan  herhangi  bir   görüntüyü  kaldırmak  için  sadece  'Kaldır'  düğmesini  seçin.  Eğer  görüntü  havuzdan  tüm  görüntüleri   kaldırmak  isterseniz  'Tümünü  Kaldır'  düğmesini  seçin.  (Şekil  89)    

 

 

    Şekil  89  -­‐  Resim  kaldırma  düğmeleri     Seçilen  görüntü  (ler)  daha  sonra  kaydedilebilir,  yazdırılabilir,  Görünüm  ekranına  gönderilebilir.(Bölüm   5  kısım  5.8)  karşılaştırma  için  veya  ekran  düzenleme  için  (Bölüm  5  kısım  5.1  bakınız)  daha  da  ileri   götürmek  için  bakınız.(Şekil  90)      

 

     

48  

                                      Şekil  90  -­‐  Kaydet,  yazdırma,  görüntüleme  ve  düzenleme  resim  simgeleri   a)  Kaydet  simgesi  b)  Yazdırma  simgesi  c)  Görüntüleme  simgesi  d)  Düzenleme  ekran  simgesi     Tek  görüntülerin  analizi  için  GeneTools  gönderilebilir.  (Şekil  91)    

                                                                                                                                                                                      Şekil  71  -­‐  GeneTools  simgesine  gönderme                                                                        

 

49  

      5.8  Ekran  Görüntüleri       Görüntüler  göz  atma  ekranından  getirilen  herhangi  bir  görüntü  ya  da  yakalanan  görüntünün   kaydedilmiş  veya  kaydedilmemiş  olup  olmadığının  karşılaştırmasını  yapmanızı  ve  görüntülere  göz   atmanızı  sağlar.  (Şekil  92)      

    Şekil  92  -­‐  Ekran  Görüntüleri     Yakınlaştırma  kaydırma  çubuğu  görüntünün  boyutunu  artırmak  veya  azaltmak  için  kullanılır.  (Şekil  93)    

  Şekil  93  -­‐  Dijital  zoom  kaydırma  çubuğu  görüntüleme  ekranı                          

50  

 

      Görüntüleri  gözat  ekranında  aynı  zamanda  dört  adete  kadar  karşılaştırma  olanağı  sağlar.  Görüntüleri   karşılaştırmak  için  sadece  büyüteç  simgesini  seçin  ve  daha  sonra  karşılaştırmak  istediğiniz  görüntüleri   vurgulayın.(Şekil  94)  

 

  Şekil  94  –  Yerleşimi  değiştir  simgeleri     'Yerleşimi  Değiştir'  ikonu  tıkladıktan  sonra  aşağıdaki  ekran  görünecektir.  (Şekil  95).      

  Şekil  95  –  Yerleşimi  değiştir  ekranı     Varsayılan  ayarlar  aynı  derecede  değiştirilebilir  tüm  görüntülerin  yakınlaştırma  ve  parlaklık  ve   kontrast  olarak  karşılaştırılan  tüm  görüntüleri  birleştirmek  için  kullanılır.  (Şekil  96)                  

51  

 

   

 

                Şekil  96  -­‐  Yerleşimi  Değiştirme  ekranı  Yakınlaştırma  ve  Aralığı  kaydırma  çubukları     Görüntü  (ler)  yakınlaştırma  ayarı  için  sol  taraftaki  kaydırma  çubuğunu  kullanın.  Kaydırma  çubuğunu   yakınlaştırmak  için  (+)    doğru  uzaklaştırmak  için  (-­‐)  doğru  hareket  ettirin.  Parlaklığı  ve  kontrastı   ayarlamak  için  sağ  taraftaki  kaydırma  çubuğunu  kullanın.     Yakınlaştırma,  parlaklık  ve  bireysel  görüntülerin  kontrastını  değiştirmek  için  görüntülerin  bağlantısız   olması  gerekir.  Bunu  yapmak  için,  bu  başlık  altında  değiştirmek  istediğiniz  resmin  sayılı  simgesini   seçin.  (Şekil  97)  Bağlantılı  görüntüler  için  bağlantılı  zincirler  simgesini  seçin.  (Şekil  97)    

  Şekil  97  -­‐  Görüntüleri  Birleştirme  ve  Ayırma     Seçtiğiniz  resim  ve  karşılaştırdığınız  görüntülerin  her  birinin  konumunu  anahtar  tanımlar.  (Şekil  98)    

  Şekil  98  –  Yerleşimi  değiştirme  ekranı  resim  anahtarı     Karşılaştırma  ekranından  çıkmak  için  yerleşimi  değiştirme  ekran  başlığından  sadece  büyüteç  olmadan   simgesini  seçin.(Şekil  94)      

 

52  

        5.9  Görüntülere  Gözatma  Ekranı     Gözat  görüntüler  ekranı  zaten  bilgisayarınızda  kayıtlı  dosyaları  açmanıza  olanak  sağlar  ve  bu  USB   anahtarları  gibi  harici  cihazlardan  dosyaları  açmak  için  dosyaları  açmanıza  izin  verir.       Bilgisayarınızdaki  klasörleri  keşfetmek  için  ekranın  sol  tarafını  kullanın.  Tüm  görüntüler  tarihe  göre   organize  edilecektir.  (Şekil  99)         Seçildiğinde  yeşil  dönecek  görüntüler  olan  minik  görüntüleri  seçmek  için  sadece  tıklayın  veya  basın.   (dokunmatik  ekran)  Sonra  görüntüleri  karşılaştırmak  veya  düzenlemek  için  görünüm  görüntüleri   simgesini  seçin.    

 

  Şekil  99  –  Gözat  ekranı                          

 

53  

     

 

Bölüm  6-­‐Yapılandırmalar       GeneSys  yazılım  spesifik  uygulamalar  ile  tekrarlanabilir  uygulamalar  için  kullanılabilir  ve   her  zaman  kolayca  erişilebilir,  uyarlanabilir  ve  yeniden  kullanılabilir  ayarlar  için  çok  çeşitli  özel   yapılandırmaları  mevcuttur.       6.1  Tasarruf  Yapılandırmaları       6.1.1  Otomatik  Çekim  modunda  tasarruf  yapılandırmaları       Aşağıdaki  ekranlarda  örnek  seçimi  ile  çalışmaların  Protokolü,  Boya  seçimi,  Protokol  seçimi  ve  örnek   konumlandırma  ayarlanır.  Yakaladığınız  bir  görüntüyü  aşağıdaki  simgeyi  seçerek  yapılandırma  olarak   kaydedebilirsiniz.  (Şekil  100)    

  Şekil  101  –  Yapılandırma  Simgesi       Yapılandırma  için  bir  ad  girdiğiniz  yerde  bir  açılır  pencere  görünecektir.  'Kilitli'  ya  da  'Herkese  Açık   Yap'  olarak  yapılandırmayı  kaydetmek  için  bu  simgeyi  seçebilirsiniz.  Bir  'Kilitli'  yapılandırmanın  anlamı   protokol  için  herhangi  bir  ayarlama  yapamamanız  demektir  'Herkese  Açık  Yap'  anlamı  ise  diğer   kullanıcılar  ile  yapılandırmaları  paylaşmanıza  izin  verir  demektir.  (Şekil  101)      

 

Şekil-­‐  101  Yapılandırma  kutusunu  kaydet    

54  

        Ayrıca  'Yapılandırmaları  Kaydet  '  iletişim  kutusundan  düzenlemek  istediğiniz  yapılandırmayı  seçerek   varolan  protokolü  değiştirebilirsiniz.       6.1.2  Manuel  modda  Tasarruf  Yapılandırmaları       Kullanmak  istediğiniz  aydınlatma  ve  filtre  seçeneklerini  seçtikten  sonra  örneğiniz  konumlandırılmıştır   böylece  yakınlaştırabilir  ve  odaklamadan  sonra  görüntünüzü  yakalayabilirsiniz.  Yakalamadan  sonra  bir   görüntü  yapılandırmaları  simgesini  seçmelisiniz.  (Şekil  100)     Yapılandırmanız  için  bir  isim  girdikten  sonra  'Kilitli'  veya  'Herkese  Açık  Yap'    yapılandırma     seçeneklerinden  istediğinizi  seçin.(Şekil  101)     Yapılandırmaların  Açılması     Ana  sayfasından  sadece  açmak  istediğiniz  yapılandırmaya  basarak  veya  seçerek  kaydedilen   yapılandırmaları  açabilirsiniz.  Bilgisayar  size  dosyayı  (Şekil  102b)  açmak  veya  dosyayı  (Şekil  102c)   silmek  isteyip  istemediğiniz  seçeneğini  seçmenizi  sağlayan  (Şekil  102a)  ayrıntılı  seçim  sunar.    

  Şekil  102  -­‐  Kullanıcı  Yapılandırmaları  Açılışı   a)  Genişletilmiş  yapılandırma  b)  Yapılandırma  açılışı  ve  c)  Yapılandırmayı  sil       Yapılandırma  açıldıktan  sonra  size  Örnek  Konumlandırma  ekranı  sunulacaktır.            

55  

 

        Bölüm  7-­‐  Görüntüleri  aktarma,  kaydetme  ve  yazdırma       Deneyleriniz  hakkında  tüm  bilgileri  raporlamanızın  en  iyi  yolu  arşivlemek  veya  belgelemektir.       Ancak,  sunum  veya  yayın  amaçlı  sadece  jel  veya  leke  resim  (ler)  aktarabilirsiniz.       Bu  bölümde,  bir  görüntünün  kaydedilmesi  ve  çıktısını  almanın  tüm  yolları  anlatılmaktadır.       7.1  Görüntüleri  Kaydetme       GeneSys  yazılım  ile  çekilen  görüntüler  çeşitli  biçimlerde  kaydedilebilir.  Bir  görüntü  kaydetmek  için   Sadece  (dokunmatik  ekran)  tuşuna  basın  ya  da  aşağıdaki  simge  üzerine  tıklayın.  (Şekil  103)      

  Şekil  -­‐103  Kaydetme  simgesi     Görüntünüz  için  bir  dosya  adı  girebileceğiniz  bir  iletişim  kutusu  açılacaktır.  (Şekil  104)    Ayrıca  açılır   menüden  'türü  olarak  Kaydet'    simgesini  kullanın  ve  bir  Syngene  Veri  (*  SGD)  TIFF  görüntü  dosyası  (*   tif)  Windows  Bitmap  resim  dosyası  (*  bmp)  veya  JPEG  resim  dosyası  (*  jpg)  olarak  görüntü  kaydetmek   için  seçeneklerden  seçebilirsiniz  (Şekil  104).    

                             

  56  

    Şekil  104  -­‐  İletişim  kutusu  olarak  kaydet    

    Şekil  -­‐105  Dosya  türünü  kaydet       Varsayılan  uyumlu  bir  güvenli  dosya  ve  GLP  olan  Syngene  Veri  (*.  SGD)  ayarlanır.  Bu  dosyalar  sadece   açılmış  veya  GeneTools  gibi  Syngene  yazılım  paketleri  değişmiş  olabilir.  SGD  dosyaları  aydınlatma,   filtre,  pozlama  süreleri  ve  daha  birçok  karmaşık  detayları  kamera  seri  numaras  gibi  gibi  tüm  yakalama   bilgileri  içerir.       Bir  TIFF  olarak  (16  bit  sıkıştırılmamış  veya  8  bit  sıkıştırılmış)  ham  görüntü  kaydetmek  için   seçebilirsiniz.Tüm  görüntü  verilerinin  korunması  gerektiğinde  bu  format  kullanılır.  Bu  dosya  seçeneği   daha  büyük  bir  dosya  oluşturur,  ancak  diğer  yazılım  paketlerinde  görüntü  analizi  sağlayacaktır.       *.  bmp  ve  *.  jpg  NB  formatları  arasındaki  seçeneğini  gösterilen  görüntüyü  kurtarmak  için  *.  BMP  ve  *.   Jpg  formatlarını  8-­‐bit  dosya  olarak  kaydedecektir  ve  bu  nedenle  nicel  verileri  kaybededecektir.  Bu   format  yalnızca,  Microsoft  Powerpoint  veya  Microsoft  Word  gibi  sunum  veya  word  işlem  yazılımı,   görsel  bilginin  aktarımı  için  kullanılmalıdır.     7.1.1  Açıklamaları  Kaydetme     Açıklamalar  bir  a.  sgd  dosya  biçimi  olarak  kaydedilebilir.  Kaydedilmiş  bir  görüntüye  ek  açıklama   yapmak  için  ek  açıklama  Kaydet  /  Yükleme  düğmesini  seçin.  ANN  dosyası  ek  açıklama  yükleme   butonunu  kullanır.  (Ann.  Ek  açıklama  dosyası)  (Şekil  106)    

    Şekil  106  –  Kaydet  /  Yükleme  Açıklamaları  simgesi     7.2  Görüntünün  çıktısını  alma     GeneSys  yazılım  ile  çekilen  görüntüler  bir  termal  yazıcı  veya  başka  bir  yazıcı  kullanarak  basılabilir.  Bir   görüntüyü  yazdırmak  için  (dokunmatik  ekran)  tuşuna  basarak  veya  aşağıdaki  simgeyi  (Şekil  107)   tıklamanız  gerekiyor.    

 

57  

 

    Şekil  107  –  Yazıcı  simgesi   Bir  baskı  önizlemesini  gösteren  bir  iletişim  kutusu  görünecektir.Görüntü  yazdırmak  için  yazıcı   simgesini  seçin.  (Şekil  108)    

  Şekil  108  -­‐  Baskı  Önizleme     7.3  GeneTools  analiz  yazılımına  görüntülerin  aktarımı     Çeşitli  dosya  biçimleri  GeneTools  a  Genesys  den  aktarılabilir.  Syngene    miktarsal  ölçümü  sağlamak   için  sıkıştırılmamış  TIFFor.  sgd  önerir.     Yakalanan  veya  kaydedilmiş  görüntüyü  aktarmak  için  sadece  düğmeye  'GeneTools  içindeki  seçilen   görüntüler  aç'  seçeneğini    seçin.(  Şekil  109).    

Şekil  109  -­‐  GeneTools  simgesine  Gönder                

 

 

58  

           

 

Bölüm  8-­‐Teknik  bilgi       Lütfen  boya  /  reaktif  listede  yoksa  o  zaman  [email protected]  başvurun.     8.1  Teknik  Bilgiler       GeneSys  yazılım  donanım  kurulum  kılavuzu       Aşağıdaki  teknik  bilgileri  indirmek  için  (Bu  GeneSys  yazılım  CD'sinde  de  mevcuttur)  lütfen  Syngene   internet  istesini  ziyaret  edin.  www.syngene.com       Hızlı  Kullanım  Rehberleri       G:  BOX  Otomatik  görüntü  yakalama  floresan  aralığı  (GeneSys)       G:  BOX  Manuel  görüntü  yakalama  floresan  aralığı  (GeneSys)     G:  BOX  manuel  seri  ve  multiplex  aralığı  görüntü  yakalama  (GeneSys)     G:  BOX  Chemi  chemilüminesan  görüntü  yakalama  (GeneSys)     Aydınlatma  modülleri  (Kurulum)     8.2  Teknik  Yardım       Avrupa  Ofisi                                                                             ABD  Ofisi   Beacon  House                 5108  Pegasus  court,  Suite  M     Nuffield  Road                 Frederick     Cambridge                 MD  21704       CB4  1TF                 USA     Büyük  Britanya   Tel:  +44  (0)1223  727123             Tel:  800-­‐686-­‐4407  (Toll  free)   Fax:  +44  (0)1223  727101             301-­‐662-­‐2863                   Fax:  301-­‐631-­‐3977   Email:  [email protected]             Email:  [email protected]   Fax:  301-­‐631-­‐3977   Email:  [email protected]  Email:  [email protected]    

 

59  

      PROBLEM   Kamera  bağlı  değil  veya  yanıt   vermiyor.  

NEDENİ   Kamera  güç  kablosu  takılı  değil       Kamera  için  yazılım  sürücüsü   eksik  

'Donanım  mevcut  değil'  

Seçtiğiniz  boya  için  doğru  filtre   veya  aydınlatma  yok.     Donanım  ekranda  'donanım   listesi'  kontrolü  

Listede  olmayan  Boya  

Boyanız  veritabanında  mevcut   değil     Görüntüye  özgü  boya  donanıma   uygun  değil     Donanım  ekranda  'donanım   listesi'  kontrolü  

Boya  adı  silinmiş  

Transilluminator     açılmıyor  

Manuel  çekim  modunda   yakalama  ayarlarından  çıkma   kullanılamıyor  

Transilluminator'de  anahtarın   'açık'  konumunda  olduğundan   emin  olun.       Karanlık  oda  kabininin  tamamen   kapalı  olduğundan  emin  olun.       Transilluminator'de  tüpleri   kontrol  edin.    

 

 

60  

ÇÖZÜM   Kurulum  kılavuzunda  gösterildiği   gibi  tüm  kablolarının  bağlı   olduğundan  emin  olun.       Kamera  sürücüsünü  yükleyin.       G:  BOX  üzerindeki  yenileme   düğmesine  basın.   Sisteminizi  yükseltmek  için   [email protected]  ulaşın.       Donanım  ekranda  olabilecek   herhangi  bir  ekstra  ışıklar  veya   filtrelerin  programlanması   [email protected]  ulaşın.  

Sisteminizi  yükseltmek  için   [email protected]  ulaşın.       Donanım  ekranda  olabilecek   herhangi  bir  ekstra  ışıklar  veya   filtrelerin  programlanması   Transilluminator  açtığınızda  daha   sonra  açılmıyorsa   [email protected]  başvurun.       Transilluminator  güvenlik   nedeniyle  dolap  kapısı  açıldığında   olduğunda  açılmayacaktır.       Tüpler  değiştirilmesi  gerekebilir.   Tekrar  yakalama  ayarlama   düğmesine  basın  ve  yakalamak   istediğiniz  görüntü  sayısı  için  1   seçmeniz  gerekir.  Bu  manuel   ekrana  dönecektir.