Cluster User Guide Georgia State University Department of Computer Science

          Cluster  User  Guide   Georgia  State  University   Department  of  Computer  Science       Table  of  Contents   Welcome  ............
4 downloads 2 Views 436KB Size
     

 

 

Cluster  User  Guide   Georgia  State  University   Department  of  Computer  Science      

Table  of  Contents   Welcome  ...................................................................................................................................................  2   Software  Requirements  ..........................................................................................................................................  2   How  to  Use  Equeue  ...................................................................................................................................................  2   Submit  Job  ..........................................................................................................................................................  4   Job  Management  ..............................................................................................................................................  5   Job  History  ..........................................................................................................................................................  6   Files  .......................................................................................................................................................................  6   Queue/Node  Status  ........................................................................................................................................  6   Glossary  ..........................................................................................................................................................................  6  

 

   

Welcome  

  Welcome  to  Georgia  State  University  Department  of  Computer  Science  computing   cluster  (cder.gsu.edu).     You  have  been  granted  access  to  the  server  via  secure  shell  (SSH)  and  via  our   convenient  web  portal  Equeue.      

Software  Requirements  

  Users  must  have  the  latest  version  of  Java  SE  Runtime  installed  on  their  local   computer  in  order  to  run  jobs  on  the  cluster.  

How  to  Use  Equeue     Users  can  access  the  system  by  navigating  to  https://cder.gsu.edu/equeue/.  The   user  will  be  prompted  for  a  user  name  and  password.  Use  the  username  and   password  given  to  you  by  your  instructor.       Once  in  the  system  the  user  will  be  greeted  by  a  web  page  pictured  below.      

 

 

Notice  the  task  headings  at  the  top  to  the  page.  They  include  Home,  Submit  Job,  Job   Management,  Job  History,  Files,  Queue/Node  Status.  In  the  following  sections  this   guide  will  expand  on  the  purpose  and  usage  of  each  task  heading.   Submit  Job     When  students  would  like  to  use  the  cluster  to  perform  task  they  should  create  a   job.  Creating  a  job  in  Equeue  is  easy.  Simply  select  the  Submit  Job  task  heading,  and   choose  the  Applications  item.  You  will  be  able  to  select  a  number  of  common   applications  including  Eclipse,  GEdit,  Desktop,  and  Xterm.     Launching  Eclipse     Selecting  Eclipse  will  allow  the  user  to  launch  an  instance  of  the  Eclipse  application   on  the  cluster.  Users  can  specify  the  window  size,  color  depth,  and  upload  files.   Specifying  instances  with  a  larger  window  and  more  color  depth  will  require  a   faster  connection.   Launching  GEdit     Selecting  GEdit  will  allow  the  user  to  launch  an  instance  of  the  GEdit  application  on   the  cluster.  Users  can  specify  the  window  size,  color  depth,  and  select  a  file  to  edit.   Specifying  instances  with  a  larger  window  and  more  color  depth  will  require  a   faster  connection.   Launching  a  Desktop     Selecting  Desktop  will  allow  the  user  to  launch  an  instance  of  the  GNOME  Desktop   environment  on  the  cluster.  Users  can  specify  the  maximum  runtime,  opengl   compatibility,  window  size,  color  depth,  and  upload  files.  Specifying  instances  with  a   larger  window  and  more  color  depth  will  require  a  faster  connection.   Launching  Xterm     Advanced  users  may  find  it  useful  to  launch  an  instance  of  the  Xterm  application.   Selecting  Xterm  will  allow  the  user  to  launch  an  instance  of  the  Xterm  application  on   the  cluster.  Users  can  specify  the  window  size,  and  color  depth.  Specifying  instances   with  a  larger  window  and  more  color  depth  will  require  a  faster  connection.      

Submitting  the  Job  to  the  Cluster     Once  a  user  has  verified  the  settings  for  the  job  requested  are  correct  they  may   select  the  Submit  Job  button  to  create  the  job.    Notice  that  a  file  is  downloaded  once   the  button  is  selected.  The  user  should  navigate  to  the  download  file  and  launch  the   file  in  order  to  open  the  instance  of  the  application  on  the  cluster.     Users  can  also  download  the  file  in  the  Job  Management  task  heading.   Job  Management     Users  can  view  their  running  jobs  by  selecting  the  Job  Management  task  heading.   This  view  reports  useful  information  to  the  user  such  as  job  name,  queue  assigned,     job  state,  priority,  start  time,  owner,  running  time,  assigned  node,  and  slot   information.     Notice  the  icons  in  the  left  most  column.  The  eye  icon  allows  the  user  to  download   the  job  file  again,  and  the  trash  can  icon  deletes  the  job  from  the  respective  queue.    

 

 

 

Job  History     This  task  heading  allows  the  user  to  review  previously  submitted  jobs.  Notice  in  the   column  furthest  to  the  right  the  Actions  column  contains  a  an  icon  that  allows  users   to  view  usage  statistics  on  a  per  column  basis.   Files     The  files  task  heading  simply  allows  users  to  browse  their  home  directory  on  the   cluster.   Queue/Node  Status     The  Queue/Node  status  task  heading  allows  users  to  view  usage  data  about  the   cluster  to  a  node  level  granularity.  The  user  can  view  the  status  of  each  node  as  well   as  aggregate  memory,  processor,  and  swap  usage.  

  Advanced  Usage     Advanced  users  may  find  it  useful  to  submit  job  submission  scripts  to  the  cluster.   This  can  be  accomplished  with  the  Batch  Job  option  in  the  Submit  Job  task  heading.   An  example  script  is  given  below.     #!/bin/sh   #   #  Usage:  sleeper.sh  [time]]   #                default  for  time  is  60  seconds     #  -­‐-­‐  our  name  -­‐-­‐-­‐   #$  -­‐N  Sleeper1   #$  -­‐S  /bin/sh   #  Make  sure  that  the  .e  and  .o  file  arrive  in  the   #  working  directory   #$  -­‐cwd   #Merge  the  standard  out  and  standard  error  to  one  file   #$  -­‐j  y   /bin/echo  Here  I  am:  `hostname`.  Sleeping  now  at:  `date`   /bin/echo  Running  on  host:  `hostname`.   /bin/echo  In  directory:  `pwd`   /bin/echo  Starting  on:  `date`   #$  -­‐m  be   #$  -­‐M  [email protected]   #$  -­‐q  intel.q   time=60  

if  [  $#  -­‐ge  1  ];  then        time=$1   fi   sleep  $time     echo  Now  it  is:  `date`  

  Glossary     Task  headings-­‐  Menu  items  specified  at  the  top  of  the  Equeue  home  page.   Job-­‐  Computing  task  assigned  to  the  cluster.   Node-­‐  Computing  element  of  the  cluster.  Commonly  referred  to  as  a  server.   Queue-­‐  Group  of  nodes  which  share  common  characteristics.    

Suggest Documents